Převod souboru NBIB do PDF

Správce citací, systém pro odevzdávání nebo příjemce může vyžadovat tisknutelné PDF namísto exportu .nbib. Převodem souboru vznikne formátovaná bibliografie; nedojde tím ke stažení článků v plném textu určených záznamy.

Co je formát NBIB

NBIB je bibliografický formát v podobě označovaného prostého textu, který používá PubMed a související služby National Library of Medicine. Záznam může obsahovat autory, názvy, údaje o časopisu, data publikace, abstrakty, DOI, identifikátory PubMed a další katalogová pole. PubMed vytvoří tento soubor, když vyberete záznamy a zvolíte Cite → Download .nbib.

Soubory NBIB jsou běžně kódovány jako UTF-8, nikoli omezeny pouze na ASCII. Jsou určeny k přenosu metadat citací do správců referencí, jako jsou Zotero a EndNote, nikoli k ukládání stránek článků, obrázků, rozvržení vydavatele nebo vložených PDF v plném textu.

Co je formát PDF

PDF je dokumentový formát s pevným rozvržením, který dokáže zachovat stránkování, písma, okraje, tabulky a zalamování řádků napříč operačními systémy. Hodí se k tisku, odevzdávání, sdílení a archivaci dokončené bibliografie, ale při opravách záznamů nebo použití jiného citačního stylu je méně praktický než NBIB.

PDF vytvořené z NBIB obsahuje pouze importované bibliografické údaje, pokud citované publikace nezískáte a nepřidáte samostatně. DOI nebo identifikátor PubMed je odkaz či identifikátor, nikoli obsah článku.

Převod pomocí Zotero

1. Nainstalujte a otevřete Zotero a poté zvolte File → Import.
2. Vyberte možnost importu souboru a otevřete soubor citations.nbib. Zotero by mělo rozpoznat záznamy PubMed a přidat je do knihovny.
3. Vyberte importované položky, otevřete kontextovou nabídku a zvolte Create Bibliography from Items.
4. Vyberte požadovaný styl, například Vancouver, AMA nebo APA, a zkopírujte formátovanou bibliografii nebo ji uložte pomocí dostupné možnosti výstupu.
5. Vložte výsledek do Microsoft Word, LibreOffice Writer nebo Google Docs. Nastavte velikost stránky, okraje, písmo a řádkování a poté ve Wordu nebo LibreOffice zvolte File → Export → PDF, případně v Google Docs File → Download → PDF.

Tento postup je vhodnější, pokud potřebujete odstranit duplicitní záznamy, změnit citační styly, upravit bibliografii nebo před exportem zachovat upravitelný zdrojový dokument.

Převod pomocí EndNote

1. Otevřete EndNote a zvolte File → Import → File.
2. Vyberte soubor NBIB. Pokud EndNote formát nerozpozná, zvolte importní filtr PubMed (NLM) nebo odpovídající filtr NLM dostupný ve vaší instalaci.
3. Zkontrolujte a vyberte importované reference a poté pomocí požadovaného výstupního stylu vytvořte formátovanou bibliografii. Výsledný dokument exportujte nebo otevřete ve Wordu či jiném textovém procesoru.
4. K vytvoření PDF použijte v textovém procesoru příkaz File → Save As nebo File → Export.

Názvy nabídek v EndNote se podle verze liší, takže přesný příkaz pro výstup bibliografie může být odlišný. Základními kroky jsou import pomocí filtru PubMed/NLM, výběr výstupního stylu a export formátovaného výsledku z dokumentové aplikace.

Použití PubMed a prohlížeče

U malého počtu citací není nutný místní správce referencí. V PubMed vyberte záznamy, zvolte Cite, vyberte požadovaný citační styl, zkopírujte formátované reference, vložte je do dokumentu a exportujte nebo vytiskněte do PDF. Po zobrazení formátovaných citací můžete také použít příkaz prohlížeče Print → Save as PDF.

Jde o nejbezpečnější online možnost, protože záznamy zůstávají v PubMedu a nejsou nahrávány do neznámé konverzní služby. Ve srovnání se Zotero nebo EndNote poskytuje menší kontrolu nad odstraňováním duplicit, opravami polí a správou bibliografie.

Aspekty online převodníků

Neexistuje široce přijímaný standard vykreslování PDF pro NBIB a obecné převodníky s nahráváním souborů často zacházejí se souborem jako s nestrukturovaným textem, takže vytvářejí PDF s nezpracovanými značkami namísto správně stylizované bibliografie. Na službu se nespoléhejte, pokud výslovně nepodporuje analýzu PubMed/NBIB, nezobrazuje vybraný citační styl a neuvádí, jak nakládá s nahranými soubory.

U nepublikovaných referencí, metadat souvisejících s pacienty nebo licencovaných záznamů použijte místo nahrávání souboru Zotero, EndNote, PubMed nebo místní kancelářskou aplikaci. Otevření NBIB v Poznámkovém bloku a jeho tisk do PDF je technicky možné, výsledek však obvykle obsahuje značky jako AU, TI a DP, nikoli citace připravené ke čtení.

Kontrola kvality a kompatibility

• Ověřte pořadí autorů, jména, zkratky názvů časopisů, data, čísla svazků a vydání, rozsahy stran, hodnoty DOI a znaky mimo ASCII. Metadata PubMed mohou být neúplná nebo nekonzistentní.
• Použijte citační styl požadovaný časopisem, institucí nebo příjemcem. Vancouver a AMA jsou běžné v lékařském publikování; APA se používá v mnoha společenských vědách.
• Před vytvořením bibliografie odstraňte duplicitní záznamy. Opakované exporty z PubMedu mohou importovat stejnou citaci více než jednou.
• Pokud PDF musí obsahovat skutečné články, získejte právně dostupný plný text z PubMed Central, od vydavatele nebo prostřednictvím institucionálního předplatného a tyto soubory PDF poté samostatně připojte nebo sloučte.
• Ponechte si původní soubor .nbib a knihovnu správce referencí. Umožní pozdější opravy, odstranění duplicit a přeformátování, které dokončené PDF neposkytuje.