Převod souboru NBIB do BIB

PubMed exportuje vybrané reference jako .nbib, zatímco LaTeX, Overleaf a mnoho správců referencí používá databáze BibTeX .bib. Převod záznamů umožňuje jejich úpravy a použití s citačními workflow BibTeX nebo biblatex.

Co je formát NBIB

NBIB je formát citací PubMedu s tagy, který se také nazývá formát MEDLINE nebo textový formát PubMedu. Jde o formát záznamů v prostém textu s označenými poli, jako jsou PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - a LID - pro identifikátory, jako jsou DOI.

PubMed vytvoří soubor NBIB po výběru záznamů a volbě Send to → Citation manager → Create file. Uživatelé NCBI, knihovny a aplikace, jako jsou Zotero a EndNote, používají tento formát k výměně bibliografických metadat. Soubor NBIB lze otevřít jako prostý text, ale jeho řádky s tagy nejsou přímo platným BibTeXem.

Co je formát BIB

Soubor .bib je obvykle databáze BibTeX nebo BibLaTeX obsahující záznamy, jako je @article{smith2024, ...}. BibTeX, BibLaTeX s Biberem, JabRef, Zotero, Overleaf a mnoho editorů LaTeXu jej umí číst.

BibTeX ukládá strukturovaná pole včetně autorů, názvu, časopisu, roku, svazku, stran, DOI, URL, abstraktu a citačního klíče. Formát v prostém textu lze prohledávat, upravovat a přenášet a je oddělený od dokumentu, který jej cituje. Převod může zachovat metadata, ale nemůže přidat chybějící plný text článku ani přílohu.

Převod pomocí Zotero

1. Nainstalujte Zotero pro Windows, macOS nebo Linux z oficiálního webu Zotero.
2. Otevřete File → Import, vyberte soubor NBIB a na výzvu Zotero zvolte možnost importu MEDLINE nebo PubMed. Pokud je přípona .nbib v dialogu pro výběr souboru skrytá, použijte All files.
3. Zkontrolujte importované záznamy, zejména jména autorů, názvy, data vydání, rozsahy stran, PMID a DOI.
4. Vyberte požadované položky nebo kolekci a poté zvolte File → Export Library nebo klikněte pravým tlačítkem na výběr a zvolte Export Items.
5. Zvolte BibTeX nebo BibLaTeX, vyberte případné možnosti poznámek či souborů požadované daným workflow a uložte export s příponou .bib.

Zotero je obvykle nejjednodušší lokální metoda, protože před exportem analyzuje pole PubMedu s tagy. U chybějících metadat použijte v Zotero funkci Add Item by Identifier s PMID nebo DOI a před exportem porovnejte náhradní záznam se zdrojem v PubMedu. Rozšíření Better BibTeX přidává konfigurovatelné, opakovaně použitelné citační klíče a automatický export, je však volitelné.

Použití Bibutils pro dávkový převod

Bibutils je vhodný pro skriptovaný nebo rozsáhlý lokální převod. Jeho fáze MEDLINE-to-XML a XML-to-BibTeX lze použít v pipeline:

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Nainstalujte Bibutils pomocí správce balíčků operačního systému nebo z jeho oficiální distribuce. Pokud nainstalovaná verze vyžaduje explicitní argumenty pro vstup a výstup, zkontrolujte med2xml --help. Bibutils může mapovat méně polí specifických pro PubMed než Zotero, proto si před použitím vygenerované záznamy prohlédněte.

Online možnosti pro malé necitlivé soubory

U malého seznamu referencí mohou ZoteroBib nebo webový nástroj Paperpile pro převod PMID na BibTeX vyhledat PMID a vytvořit BibTeX bez nutnosti lokální aplikace. Tyto služby obecně přijímají PMID nebo jiné identifikátory namísto převodu nahraného souboru NBIB; vložte identifikátory, exportujte BibTeX a ověřte výsledky. Nenahrávejte soukromé, nepublikované ani důvěrné bibliografie, pokud je možný lokální převod.

Kontrola exportovaných záznamů

• Některé záznamy NBIB neobsahují DOI, číslo vydání, strany, abstrakt nebo úplná data vydání. Vyhledání podle DOI nebo PMID může mezery doplnit, ale získaná metadata je stále nutné porovnat se zdrojovým záznamem.
• Formátování autorů v PubMedu může po převodu vést k nesprávnému osobnímu nebo korporátnímu autorovi. Korporátního autora vložte do dalších složených závorek, například author = {{World Health Organization}}, a zkontrolujte příjmení, iniciály a pořadí autorů.
• Chraňte velká písmena, která musí zůstat nezměněna, například u symbolů genů, zkratek a vlastních jmen, pomocí složených závorek BibTeXu: title = {Effects of {DNA} repair}.
• Znaky Unicode, pomlčky en, podtituly, jména s diakritikou a nelatinská písma mohou vyžadovat podporu UTF-8 v LaTeXovém enginu, procesoru bibliografie a editoru. Použijte pdflatex s příslušným nastavením kódování nebo Unicode engine, jako je XeLaTeX či LuaLaTeX.
• Různé exportéry vytvářejí různé citační klíče. Změna klíče po vložení citací může porušit odkazy v existujících souborech LaTeXu; před psaním citací používejte stabilní klíče.
• Pokud možno zachovejte v exportovaném záznamu PMID nebo DOI. Tyto identifikátory poskytují spolehlivý způsob, jak záznam později vyhledat a opravit.