Online konvertor NBIB do CSV zdarma

PubMed a další služby NCBI exportují citační záznamy jako NBIB, zatímco tabulkové procesory, databáze a nástroje pro analýzu běžně vyžadují CSV. Převod souboru usnadňuje řazení, filtrování, úpravy a import citací bez ručního kopírování polí.

Co je formát NBIB

NBIB je bibliografický formát prostého textu založený na označených záznamech MEDLINE. Uživatelé PubMed a výzkumníci v oblasti medicíny, věd o živé přírodě a dalších akademických oborech jej používají k výměně referencí se softwarem pro správu citací. Záznam obsahuje značky, jako jsou PMID- pro identifikátor PubMed, TI - pro název, AU - pro autora, DP - pro datum publikace a AB - pro abstrakt.

PubMed vytváří soubory .nbib prostřednictvím Send to → Citation manager. Formát podporuje opakované značky a pokračovací řádky, takže jedna citace může obsahovat více autorů, termínů MeSH, identifikátorů článku a řádků textu abstraktu. Textový editor dokáže soubor NBIB zobrazit, ale jeho struktura se značkami a více řádky není vhodná pro tabulkové úpravy.

Co je formát CSV

CSV je textový formát s oddělovači, ve kterém každý řádek představuje jeden záznam a každý sloupec jedno pole. CSV s citacemi může obsahovat sloupce pro PMID, název, autory, časopis, datum publikace, abstrakt, DOI a typ publikace.

CSV podporují Microsoft Excel, LibreOffice Calc, Google Sheets, databáze a programovací knihovny. Je užitečné pro filtrování, odstraňování duplicit, vytváření reportů a import citací do systémů, které formát NBIB nečtou. CSV nemá pevně dané schéma: převodník musí určit, které značky NBIB se stanou sloupci, a tabulkové programy mohou v některých regionálních nastaveních používat jako oddělovač středník.

Převod NBIB na CSV online

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor .nbib, jako výstupní formát zvolte CSV, spusťte převod a stáhněte výsledný soubor .csv. Výsledek otevřete a před použitím k analýze zkontrolujte názvy sloupců a několik záznamů.

Nenahrávejte nepublikovaná nebo důvěrná bibliografická data do online služby, pokud její zásady nakládání s daty a jejich mazání nejsou přijatelné. Pro soukromé nebo opakovatelné zpracování místo toho použijte lokální skript.

Převod NBIB na CSV pomocí Python

Biopython dokáže analyzovat značky NBIB/MEDLINE, zatímco standardní modul csv v Python správně zpracovává čárky, uvozovky a zalomení řádků.

1. Nainstalujte Biopython pomocí python -m pip install biopython.
2. Uložte následující kód jako nbib_to_csv.py.
3. Spusťte python nbib_to_csv.py input.nbib output.csv.

import csv
import sys
from Bio import Medline

fields = [
    ("PMID", "PMID"),
    ("Title", "TI"),
    ("Authors", "AU"),
    ("Journal", "JT"),
    ("Publication date", "DP"),
    ("Abstract", "AB"),
    ("DOI", "LID"),
    ("Article ID", "AID"),
    ("Publication types", "PT"),
    ("MeSH terms", "MH"),
]

def value(record, tag):
    item = record.get(tag, "")
    if isinstance(item, list):
        return "; ".join(str(x) for x in item)
    return str(item)

with open(sys.argv[1], encoding="utf-8") as source, open(
    sys.argv[2], "w", newline="", encoding="utf-8-sig"
) as target:
    writer = csv.writer(target)
    writer.writerow([name for name, tag in fields])
    for record in Medline.parse(source):
        writer.writerow([value(record, tag) for name, tag in fields])

Kódování utf-8-sig pomáhá starším verzím Excel rozpoznat znaky mimo ASCII. Pokud se tyto značky nacházejí ve zdrojových datech, přidejte pole jako TA pro zkratku časopisu, FAU pro úplná jména autorů nebo PMC pro identifikátor repozitáře.

Kontroly kvality a kompatibility

Záznamy NBIB neobsahují vždy stejné značky. Chybějící značky se převedou na prázdné buňky CSV a opakované značky je nutné sloučit, nikoli omezit na první hodnotu. Skript spojuje opakované autory, termíny MeSH a identifikátory středníky; uvozování CSV zachovává čárky, uvozovky a zalomení řádků v abstraktech a názvech.

DOI může být uložen v LID s příponou, jako je [doi], proto tuto příponu odstraňte pouze v případě, že cílový systém vyžaduje samotný DOI. Po převodu zkontrolujte PMID, DOI, autora, datum, abstrakt a počet řádků. CSV samo o sobě nezachovává značky NBIB, pořadí polí, strukturu opakovaných polí ani rozdíly mezi různými typy identifikátorů, pokud export pro ně nedefinuje samostatné sloupce.