Převod souboru XDF do PDF

PDF je užitečný, když je třeba záznam XDF sdílet jako report s pevným rozvržením, vytisknout jej nebo archivovat k pozdější kontrole. Protože soubory XDF obvykle obsahují měření, nikoli stránky, vyžaduje převod aplikaci nebo analytický workflow, který rozumí konkrétní variantě XDF.

Co je formát XDF

XDF je nejednoznačná přípona souboru. Nejběžnějším vědeckým použitím je Extensible Data Format používaný aplikacemi Lab Streaming Layer (LSL), jako je LabRecorder. Tyto soubory mohou obsahovat synchronizované streamy EEG, ECG, pohybu, sledování očí, audia a značek událostí s časovými razítky a metadaty.

Soubor LSL XDF ukládá data časových řad, nikoli stránky dokumentu, fonty nebo předdefinované rozvržení. Příponu .xdf používají také jiné produkty, včetně systémů souvisejících s Microsoft R, jako je RevoScaleR. Soubor XDF z jednoho produktu může být pro software určený pro jiný produkt nečitelný, proto před výběrem převodníku identifikujte aplikaci, která jej vytvořila.

Co je formát PDF

PDF je formát dokumentu s pevným rozvržením, který v různých operačních systémech zachovává rozměry stránek, text, grafiku a při mnoha exportech také informace o fontech. Je vhodný pro tisk a distribuci, ale nepředstavuje bezeztrátovou náhradu zdrojového záznamu: vzorky, časová razítka, metadata, popisky kanálů a značky událostí mohou být vykresleny pouze výběrově, shrnuty nebo vynechány.

Jak převést soubor LSL XDF

Pro soubory LabRecorder XDF neexistuje univerzální převodník na jedno kliknutí, protože zdroj obsahuje streamy, nikoli rozvržení dokumentu. Spolehlivou desktopovou metodou je načíst streamy pomocí pyxdf, vykreslit je pomocí Matplotlib a zapsat grafy do PDF.

1. Nainstalujte Python 3 a požadované balíčky pomocí příkazu python -m pip install pyxdf matplotlib numpy.
2. Uložte následující kód jako xdf_to_pdf.py a nahraďte input.xdf názvem zdrojového souboru.
3. Spusťte python xdf_to_pdf.py. Skript vytvoří xdf_report.pdf a přidá stránku pro každý numerický stream.

import numpy as np
import pyxdf
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

streams, _ = pyxdf.load_xdf('input.xdf')

with PdfPages('xdf_report.pdf') as pdf:
    for stream in streams:
        samples = np.asarray(stream.get('time_series'))
        times = np.asarray(stream.get('time_stamps'))
        info = stream.get('info', {})
        name_values = info.get('name', ['Unnamed stream'])
        name = name_values[0] if name_values else 'Unnamed stream'

        if samples.size == 0 or samples.dtype.kind not in 'iuf':
            continue
        if samples.ndim == 1:
            samples = samples[:, None]
        if times.size != samples.shape[0]:
            continue

        times = times - times[0]
        figure, axes = plt.subplots(
            samples.shape[1], 1, sharex=True, figsize=(11.69, 8.27), squeeze=False
        )
        for channel, axis in enumerate(axes[:, 0]):
            axis.plot(times, samples[:, channel], linewidth=0.6)
            axis.set_ylabel('Ch ' + str(channel + 1))
            axis.grid(True, linewidth=0.3)
        axes[-1, 0].set_xlabel('Seconds from first sample')
        figure.suptitle(name)
        figure.tight_layout()
        pdf.savefig(figure)
        plt.close(figure)

Výsledkem je vizuální report, nikoli export dat připravený k analýze. U dlouhých záznamů vykreslujte vybrané časové rozsahy nebo reprezentativní kanály; vykreslení každého vzorku může vytvořit pomalé a nadměrně velké soubory PDF. Pokud jsou v reportu potřeba, přidejte jednotky, názvy kanálů, značky událostí a metadata záznamu explicitně.

Další desktopové workflow

U EEG a dalších fyziologických záznamů zkontrolujte soubor pomocí vědeckého nástroje s podporou XDF, například MNE-Python, pokud je v něm k dispozici čtečka XDF, nebo jej načtěte pomocí pyxdf a vygenerujte grafy či analytický report. Po kontrole výběru kanálů, časových razítek, jednotek a značek použijte příkaz File → Print nebo příkaz pro export do PDF v daném programu.

U souboru XDF vytvořeného datovým systémem R jej otevřete pomocí odpovídajícího balíčku R — například balíčku používaného systémem RevoScaleR — poté exportujte požadovanou tabulku nebo graf a vytvořte PDF prostřednictvím workflow File → Print v RStudio nebo nakonfigurovaného workflow File → Knit Document. Bez ověření kompatibility nepoužívejte pro tuto variantu čtečku LSL XDF.

Online převodníky a omezení kompatibility

Obecné online služby, jako jsou CloudConvert a Zamzar, zvažujte pouze v případě, že jejich aktuální stránka pro nahrávání výslovně uvádí přesnou variantu XDF a dokáže soubor zobrazit v náhledu nebo zpracovat. Tyto služby obvykle neinterpretují strukturu časových řad LabRecorder jako report a nahrávání EEG, biometrických, klinických nebo proprietárních dat může porušovat požadavky na ochranu soukromí nebo nakládání s výzkumnými daty. Adobe Acrobat a běžné tiskárny PDF nedokážou smysluplně otevřít nezpracovaná data LSL XDF; mohou zpracovat pouze report nebo obrázek vytvořený aplikací s podporou XDF.

PDF uchovávejte společně s původním souborem XDF. Před použitím PDF jako analytického záznamu zkontrolujte vynechané vzorky, chybějící značky, převod časových razítek, neúplná metadata a downsampling; pro reprodukovatelnost uchovávejte zdrojová data a nastavení zpracování.