Online konvertor VSI do OME.TIFF zdarma

Co je formát VSI

VSI je proprietární formát virtuálních slidů používaný skenery řady Olympus VS a softwarem Olympus cellSens. Datová sada VSI může obsahovat dlaždicové mikroskopické obrazy s více rozlišeními, více kanály, více ohniskovými rovinami a metadata o akvizici. Obvykle se používá spolu s doprovodnou složkou obsahující obrazová data, proto před převodem zkopírujte celou původní datovou sadu; přesunutí pouze souboru .vsi může způsobit, že slide nebude možné načíst.

Co je formát OME-TIFF

OME-TIFF je mikroskopický formát založený na TIFF, který ukládá pixely společně s metadaty OME-XML popisujícími rozměry, kanály, roviny, fyzické velikosti pixelů a související informace o akvizici. Podporují jej Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari s vhodnými pluginy a mnoho vědeckých knihoven pro zpracování obrazů.

OME-TIFF je vhodnější, když software neumí číst VSI, když je nutné vyměňovat datové sady mezi mikroskopickými aplikacemi nebo když metadata musí zůstat v dokumentované struktuře. Může používat bezztrátovou kompresi, například LZW, a lze jej zapsat jako BigTIFF, pokud výstup překročí velikostní limit klasického TIFF.

Jak převést VSI na OME-TIFF

Pomocí Bio-Formats

Bio-Formats je nejpřímější volba pro desktop i příkazový řádek, protože obsahuje čtečku VSI a zapisovač OME-TIFF.

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje Bio-Formats, nebo si stáhněte nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek.
2. Ponechte soubor .vsi a jeho přidruženou datovou složku pohromadě.
3. Pro převod z příkazového řádku spusťte:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Pro velmi velký výsledek použijte BigTIFF:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Pokud VSI obsahuje několik obrazových sérií, nejprve zkontrolujte seznam sérií a požadované série převádějte samostatně. Bio-Formats může jinak zapsat více sérií nebo vytvořit názvy výstupů na základě zdrojových sérií. Typický příkaz pro konkrétní sérii je:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Přesné dostupné možnosti závisí na verzi Bio-Formats; spuštěním bfconvert -help je ověřte.

Pomocí Fiji

1. Otevřete datovou sadu prostřednictvím Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Vyberte soubor VSI a v možnostech importéru zachovejte původní rozměry, kanály a série.
3. Exportujte otevřený obraz prostřednictvím File → Save As → OME-TIFF nebo použijte exportér Bio-Formats, pokud je k dispozici.
4. Pro bezztrátové uložení vyberte kompresi LZW a pokud je odhadovaný výstup větší než 4 GB, zvolte BigTIFF.

U obrazu celého skenu ověřte, zda vybraný exportér zachovává víceúrovňovou pyramidu. Pokud exportuje pouze aktuálně otevřené rozlišení, výsledkem je platný OME-TIFF, ale nikoli ekvivalentní pyramidový slide.

Převod bez nainstalovaného software

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace software, pokud služba přijímá datovou sadu VSI a její přidružené soubory. Pokud převodník vyžaduje doprovodné soubory, nahrajte celou datovou sadu a ověřte, že výsledný OME-TIFF obsahuje požadované série a metadata.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Komprese LZW je bezztrátová, takže zachovává hodnoty pixelů a zároveň zmenšuje velikost; komprese JPEG může způsobit artefakty a není vhodná, pokud kvantitativní měření závisí na původních pixelech. Převod nemůže obnovit informace, které nejsou dostupné ve čtečce nebo exportéru VSI, a některé poznámky specifické pro Olympus, údaje o stolku, podrobnosti pyramidy nebo proprietární metadata nemusí být možné namapovat do OME-XML.

Výstup zkontrolujte ve Fiji nebo Bio-Formats porovnáním šířky, výšky, počtu kanálů, hloubky z, časových bodů, typu pixelů a fyzické velikosti pixelu se zdrojem. Soubor také otestujte v cílové aplikaci: OME-TIFF vyhovující standardům může obsahovat platná metadata, ale nemusí mít pyramidové uspořádání nebo anotace specifické pro výrobce, které vyžaduje konkrétní prohlížeč celých skenů.