Online konvertor OIF do OME.TIFF zdarma

Co je formát OIF

OIF neboli Olympus Image Format je proprietární formát používaný softwarem Olympus Fluoview a souvisejícím mikroskopickým softwarem cellSens, včetně dat z konfokálních, fluorescenčních a dalších zobrazovacích systémů. Může obsahovat vícerozměrná obrazová data, například kanály, Z řezy, časové body a více sérií, společně s metadaty o akvizici.

Datová sada OIF často obsahuje více než jeden objekt souborového systému: soubor .oif může záviset na doprovodném adresáři, například sample.oif.files. Hlavní soubor a jeho doprovodný adresář ponechte pohromadě a vyberte soubor .oif, nikoli jednotlivý interní TIFF. OIB je související formát Olympus, který zabalí větší část datové sady do jediného souboru.

Co je formát OME.TIFF

OME-TIFF je formát založený na TIFF, který ukládá obrazové roviny společně s metadaty OME-XML popisujícími rozměry, kanály, fyzické velikosti pixelů, časové body a související informace o akvizici. Podporují jej Fiji, ImageJ, napari, QuPath, Bio-Formats a mnoho dalších nástrojů pro vědecké zobrazování.

OME-TIFF použijte v případě, že cílová aplikace vyžaduje dokumentovaný, interoperabilní formát namísto úložiště specifického pro Olympus. Zachovává vícerozměrnou organizaci spolehlivěji než export samostatných běžných TIFF obrazů, avšak proprietární nastavení mikroskopu a některá metadata dodavatele nemusí mít přímé ekvivalenty v OME.

Jak skutečně převést OIF na OME.TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji s aktuálními komponentami Bio-Formats.
2. Zkopírujte soubor .oif a jeho doprovodný adresář do místní složky s oprávněním k zápisu.
3. Otevřete soubor pomocí File → Open, vyberte soubor OIF a nechte Bio-Formats načíst datovou sadu.
4. V dialogu Bio-Formats Importer zachovejte původní série a rozměry. Kanály ani Z řezy nerozdělujte, pokud cílový program nevyžaduje samostatné soubory.
5. Načtený obraz exportujte pomocí Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, zvolte OME-TIFF a uložte jej pod názvem, jako je sample.ome.tiff.

Pokud datová sada obsahuje několik sérií, exportujte každou sérii samostatně, jestliže cílová aplikace nedokáže zpracovat více sérií v jednom OME-TIFF. Před potvrzením zkontrolujte možnosti importu nebo exportu, protože výběr pouze aktuální série může vynechat další pozice akvizice nebo obrazové sady.

Pomocí Bio-Formats z příkazového řádku

Bio-Formats poskytuje nástroj bfconvert pro opakovatelné převody. Po instalaci nástrojů příkazového řádku Bio-Formats spusťte:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.ome.tiff

LZW je bezeztrátová komprese. U datové sady, která překračuje běžný limit velikosti TIFF, vyžádejte výstup BigTIFF, pokud jej nainstalovaná verze Bio-Formats podporuje:

bfconvert -compression LZW -bigtiff sample.oif sample.ome.tiff

Použijte přesnou cestu k souboru OIF, zachovejte jeho doprovodný adresář a zkontrolujte výstup příkazu, zda obsahuje rozpoznané série a rozměry. Možnosti se mezi verzemi Bio-Formats mírně liší, proto spusťte bfconvert -help, pokud je -bigtiff nebo jiná možnost odmítnuta.

Pomocí online převaděče

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Protože datové sady OIF mohou obsahovat citlivé experimenty, doprovodné soubory nebo velmi velké obrazové roviny, ověřte, zda služba přijímá kompletní datovou sadu a zda je její nahrání v souladu se zásadami vaší laboratoře nebo instituce pro práci s daty.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Bezeztrátová komprese LZW nemění hodnoty pixelů; JPEG nebo jiná ztrátová komprese může způsobit artefakty a obecně není vhodná pro kvantitativní mikroskopii.
• Po převodu ověřte šířku, výšku, bitovou hloubku, počet kanálů, počet Z řezů, časové body, fyzickou velikost pixelů a názvy kanálů. Výsledek otevřete ve Fiji nebo jiné čtečce Bio-Formats a porovnejte jej s originálem.
• Nastavení určená pouze pro zobrazení, jako jsou LUT, rozsahy kontrastu, anotace, stav grafického rozhraní mikroskopu a proprietární parametry akvizice, mohou být vynechána nebo reprezentována odlišně, i když jsou obrazová data pixelů zachována.
• Velké soubory OME-TIFF mohou vyžadovat podporu BigTIFF jak v exportéru, tak v cílové aplikaci. Některý software také lépe pracuje s doprovodnou sadou souborů OME-TIFF než s jedním velmi velkým souborem.
• Původní datovou sadu OIF neodstraňujte, dokud převedený soubor nezkontrolujete; OME-TIFF nemůže zaručit úplný zpětný převod všech funkcí specifických pro Olympus.