Online konvertor NDPI do OME.TIFF zdarma

Co je formát NDPI

NDPI je proprietární formát společnosti Hamamatsu pro obrazy celých sklíček. Skenery Hamamatsu NanoZoomer vytvářejí při digitalizaci patologických sklíček soubory NDPI, často společně s přidruženými indexovými soubory nebo soubory metadat. Můžete se s nimi setkat v aplikacích Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji a dalších aplikacích, které používají čtečky Bio-Formats nebo OpenSlide.

Soubor NDPI může obsahovat velmi rozsáhlý obraz v plném rozlišení, úrovně zobrazení se sníženým rozlišením, více obrazových sérií a někdy také několik ohniskových rovin. Jeho interní metadata a pyramidová struktura jsou specifické pro dodavatele, takže obecné programy pro TIFF jej nemusí otevřít správně.

Co je formát OME-TIFF

OME-TIFF je formát založený na TIFF, který definuje Open Microscopy Environment. Ukládá obrazová data do adresářů TIFF a popisuje rozměry, kanály, velikosti pixelů, roviny a související informace v metadatech OME-XML.

U obrazů celých sklíček může OME-TIFF obsahovat dlaždicové pyramidové úrovně rozlišení. Kompatibilní prohlížeče tak mohou nejprve zobrazit malý přehled a následně načítat pouze dlaždice s vysokým rozlišením potřebné k navigaci. Tento formát podporují Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari s vhodnými pluginy a mnoho pracovních postupů v mikroskopii.

OME-TIFF je užitečný, když software vyžaduje zdokumentovaný a interoperabilní formát namísto souboru specifického pro skener. Automaticky však obraz nezmenší; velikost výstupu závisí na zdrojových datech, nastavení dlaždic, počtu pyramidových úrovní a kompresi.

Jak převést NDPI na OME-TIFF

Pomocí Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats je nejpraktičtější desktopová možnost příkazového řádku pro zachování metadat mikroskopie a zpracování velmi rozsáhlých obrazů. Nainstalujte balíček Bio-Formats z Open Microscopy Environment a poté spusťte bfconvert v terminálu.

1. Umístěte soubor NDPI do složky s dostatkem volného místa pro výstup. OME-TIFF celého sklíčka může mít několik gigabajtů.
2. Převeďte vybranou obrazovou sérii na dlaždicový TIFF s bezztrátovou kompresí:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff je vhodné pro soubory, které mohou překročit přibližně 4GB limit klasického TIFF. LZW je bezztrátová komprese; JPEG použijte pouze tehdy, když je menší soubor důležitější než zachování každého pixelu zdroje.

Pokud NDPI obsahuje více sérií, prohlédněte si seznam sérií v Bio-Formats a požadovanou sérii převeďte pomocí volby série, například:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Pro pyramidový výstup celého sklíčka použijte aktuální verzi Bio-Formats, která podporuje zápis pyramid:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Tím se vytvoří pět úrovní rozlišení, přičemž mezi jednotlivými úrovněmi dojde ke dvojnásobnému zmenšení. Počet úrovní a měřítko upravte podle cílového prohlížeče; velmi rozsáhlá sklíčka obvykle využívají dlaždicové pyramidy. Spusťte bfconvert bez argumentů nebo si prohlédněte nápovědu nainstalované verze, protože dostupné volby pyramid se mezi jednotlivými vydáními Bio-Formats liší.

Pomocí 101convert.com

Soubor můžete také bezplatně převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor NDPI, jako výstupní formát zvolte OME-TIFF, spusťte převod a stáhněte výsledek. U klinických nebo dosud nepublikovaných výzkumných sklíček si před nahráním ověřte podmínky služby týkající se zpracování a uchovávání dat; u rozsáhlých souborů celých sklíček je obecně praktičtější desktopová metoda.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Převod nemůže obnovit detaily ztracené v případě, že skener uložil zdroj s použitím komprese JPEG. Volba LZW zachová pixely poskytnuté čtečkou NDPI, neobnoví však již odstraněné informace.
• Bio-Formats přenese metadata, která dokáže interpretovat, včetně mnoha rozměrů a fyzických velikostí pixelů, ale proprietární pole skeneru, anotace, data čárových kódů a oblasti specifické pro jednotlivé aplikace nemusí být do OME-XML převedeny úplně.
• Výstup zkontrolujte v prohlížeči celých sklíček, například v QuPath nebo Fiji s Bio-Formats. Ověřte, že přehled, zobrazení v plném rozlišení, orientace, rozměry pixelů a fyzické měřítko jsou správné.
• Obyčejný OME-TIFF bez pyramidy se může v mikroskopickém softwaru otevřít, ale v prohlížečích celých sklíček fungovat špatně. Pokud je navigace pomalá nebo aplikace hlásí chybějící úrovně rozlišení, vytvořte znovu dlaždicový pyramidový soubor.
• Původní NDPI si ponechte jako archivní zdroj. OME-TIFF je interoperabilní kopie a může postrádat metadata specifická pro skener nebo další série NDPI.