Online konvertor ND2 do OME.TIFF zdarma

Soubory ND2 z mikroskopických systémů Nikon se mimo NIS-Elements často obtížně otevírají, zatímco formát OME-TIFF podporují Fiji, ImageJ, napari, OMERO a další nástroje pro vědecké zobrazování. Převod do OME-TIFF je užitečný pro analýzu napříč platformami, sdílení dat a dlouhodobou archivaci při zachování multidimenzionálních metadat mikroskopie.

Co je formát ND2

ND2 je proprietární kontejner společnosti Nikon pro obrazy vytvářené kamerami a mikroskopy Nikon, obvykle prostřednictvím NIS-Elements. Jeden soubor může obsahovat více zorných polí, kanálů, z-stacků, časových bodů, nastavení detektoru, pozic stolku a metadat o akvizici. Soubory ND2 jsou běžné v laboratořích používajících zobrazovací systémy Nikon a mohou obsahovat jednu obrazovou sérii nebo mnoho nezávislých sérií.

Protože je ND2 proprietární, podpora závisí na nainstalované čtečce. NIS-Elements poskytuje nejúplnější přístup k metadatům specifickým pro Nikon, zatímco knihovna Bio-Formats poskytuje širokou podporu čtení ve Fiji, ImageJ a nástrojích příkazového řádku.

Co je formát OME.TIFF

OME-TIFF je formát vědeckých obrazů založený na TIFF, který ukládá pixelová data společně s metadaty OME-XML popisujícími rozměry, jako jsou X, Y, kanál, Z a čas. Podporují jej Bio-Formats a mnoho mikroskopických aplikací včetně Fiji, ImageJ, napari, QuPath, OMERO a knihoven Python, které používají Bio-Formats nebo tifffile.

OME-TIFF je vhodnější, když software musí datovou sadu interpretovat jako multidimenzionální obraz, nikoli jako nesouvisející stránky TIFF. Poskytuje také zdokumentovaný model metadat a eliminuje závislost na softwaru specifickém pro Nikon. Velké datové sady mohou vyžadovat BigTIFF, který podporuje soubory větší než klasický limit velikosti TIFF; použijte jej, pokud tuto možnost převodník nabízí nebo pokud výstup přesahuje přibližně 4 GB.

Jak skutečně převést ND2 na OME.TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, který obsahuje importér a exportér Bio-Formats. Aktualizujte jej prostřednictvím Help → Update Fiji, aby byla čtečka ND2 aktuální.
2. Otevřete soubor prostřednictvím File → Import → Bio-Formats a vyberte soubor .nd2.
3. V dialogovém okně Bio-Formats Import Options povolte View stack with: Hyperstack, pokud soubor obsahuje rozměry Z, kanál nebo čas. Možnost Split into series povolte pouze tehdy, pokud se má každá série ND2 stát samostatnou výstupní datovou sadou.
4. Zkontrolujte zobrazené pořadí velikostí a hodnoty rozměrů. U velkého obrazu použijte virtuální zásobník pouze pro kontrolu; export stále vyžaduje přístup k původním datům.
5. Vyberte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, pokud je tato možnost nabízena, zvolte jako výstupní formát OME-TIFF a uložte soubor s názvem, jako je sample.ome.tiff.
6. Exportovaný soubor znovu otevřete ve Fiji pomocí Bio-Formats a ověřte rozměry kanálů, Z a času, typ pixelů, počet sérií a metadata zobrazená v Image → Show Info.

Pro opakovatelný dávkový převod nainstalujte nástroje Bio-Formats příkazového řádku a spusťte:

bfconvert -overwrite input.nd2 output.ome.tiff

Pokud ND2 obsahuje více sérií, použijte vzor výstupu specifický pro série, například:

bfconvert -overwrite input.nd2 output_%s.ome.tiff

Spuštěním příkazu bfconvert -help zobrazíte možnosti poskytované nainstalovanou verzí Bio-Formats. Před zpracováním dávky otestujte jeden soubor, protože pojmenování sérií a chování při výstupu více souborů se může lišit podle verze čtečky a struktury vstupu.

Pomocí online převodníku

Soubor můžete zdarma převést na 101convert.com bez instalace softwaru: nahrajte soubor ND2, zvolte OME.TIFF jako cílový formát, spusťte převod a stáhněte výsledný soubor. U důvěrných mikroskopických dat nebo datových sad obsahujících informace o akvizici, které by neměly být nahrávány, použijte převod na počítači.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Volte bezeztrátový výstup. OME-TIFF obvykle zachovává hodnoty pixelů, pokud je zdroj exportován bez škálování, komprese měnící data nebo převodu na menší bitovou hloubku.
• Neexportujte snímek obrazovky RGB, pokud zdroj obsahuje vědecké kanály. Zachovejte původní roviny kanálů a bitovou hloubku, například data 8bitová, 12bitová uložená v 16 bitech nebo 16bitová.
• Metadata ND2 se do OME-XML nemapují dokonale. Nastavení akvizice specifická pro Nikon, proprietární anotace, podrobnosti o osvětlení nebo informace o hardwaru mohou být vynechány nebo zastoupeny odlišně.
• Některé soubory ND2 obsahují několik sérií. Převodník je může zapsat do jednoho souboru OME-TIFF nebo vytvořit samostatné soubory. Po převodu ověřte počet sérií, místo abyste předpokládali, že bylo zahrnuto každé zorné pole.
• OME-TIFF nemusí být vždy jediný fyzicky jednoduchý soubor: kompatibilitu mohou ovlivnit pyramidové obrazy, výstup BigTIFF nebo uspořádání externích metadat. Fiji a Bio-Formats jsou vhodné nástroje pro ověření, pokud jiná aplikace nedokáže výsledek otevřít.
• Původní ND2 uchovávejte jako zdrojový záznam. Před samostatnou archivací nebo odstraněním souboru ND2 zkontrolujte v převedeném souboru rozměry, kalibraci, názvy kanálů, časová razítka a pozice stolku.