Online konvertor NDPI do TIFF zdarma

Soubory NDPI jsou snímky celých preparátů vytvářené skenery Hamamatsu NanoZoomer, ale mnoho obrazových editorů, laboratorních systémů a archivních pracovních postupů očekává formát TIFF. Převod do TIFF usnadňuje otevření, zpracování a sdílení snímku, ačkoli snímek v plném rozlišení může vyžadovat BigTIFF a značný úložný prostor.

Co je formát NDPI

NDPI je proprietární formát snímků celých preparátů společnosti Hamamatsu. Skenery NanoZoomer ukládají mikroskopické preparáty jako velmi velké víceúrovňové snímky s přidruženými metadaty, miniaturami a někdy také snímky štítků. Se soubory NDPI se můžete setkat při přijímání skenů v digitální patologii nebo při exportu preparátů z Hamamatsu NDP.view2.

NDPI má interně strukturu podobnou TIFF, běžný software pro TIFF mu však nemusí rozumět. OpenSlide, Fiji s Bio-Formats, QuPath a software společnosti Hamamatsu dokážou načíst mnoho variant NDPI. Podpora závisí na generaci skeneru, kompresi a obsahu souboru.

Co je formát TIFF

TIFF je široce podporovaný formát rastrových obrazů používaný v mikroskopii, skenování, publikování, analýze obrazu a archivních pracovních postupech. Podporuje bezztrátovou kompresi, například LZW, Deflate a Zstandard, ukládání po dlaždicích, více stránek, metadata a rozšíření BigTIFF pro soubory větší než 4 GB.

TIFF je užitečný, když cílová aplikace nedokáže otevřít NDPI nebo když je třeba snímek zpracovat v softwaru, jako je ImageJ, Photoshop nebo laboratorní analytický systém. Konvenční export do TIFF je často pouze jedna vybraná úroveň rozlišení nebo oblast, nikoli kompletní víceúrovňová struktura preparátu obsažená v souboru NDPI.

Jak skutečně převést NDPI do TIFF

Pomocí služby 101convert online

Soubor můžete bezplatně převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor NDPI, vyberte TIFF jako výstupní formát, spusťte převod a stáhněte výsledek. Tato možnost je vhodná pro soubory, které služba přijímá; velmi velké snímky celých preparátů mohou překročit limity nahrávání, zpracování nebo výstupu a snímky obsahující citlivé údaje pacientů by měly být nahrávány pouze tam, kde jsou k dispozici požadované mechanismy ochrany soukromí.

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje ImageJ, a poté přidejte nebo aktualizujte plugin Bio-Formats prostřednictvím Help → Update.
2. Otevřete soubor pomocí File → Open nebo Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. V dialogovém okně importu vyberte požadovanou sérii rozlišení a neotevírejte úroveň v plném rozlišení, pokud počítač nemá dostatek paměti RAM.
4. Uložte otevřený snímek pomocí File → Save As → TIFF.

Fiji exportuje vybranou obrazovou rovinu nebo rozlišení. Nemusí zachovat pyramidu NDPI, anotace skeneru ani všechna proprietární metadata. Chcete-li vytvořit lépe spravovatelný export, vyberte sérii s nižším rozlišením nebo exportujte pouze oblast potřebnou pro analýzu.

Pomocí OpenSlide a Pythonu

OpenSlide načítá úrovně rozlišení ve snímku NDPI. Následující příklad exportuje jednu úplnou úroveň rozlišení jako RGB TIFF:

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Změnou hodnoty level vyberete jinou úroveň pyramidy; úroveň 0 představuje nejvyšší dostupné rozlišení. Vybraná úroveň se načte do paměti jako jedno pole, takže export snímku v plném rozlišení může vyčerpat paměť RAM. U velkých snímků zpracovávejte obdélníkové oblasti po dlaždicích nebo exportujte nižší úroveň. Pokud výstup přesáhne 4 GB, použijte BigTIFF, pokud jej cílová aplikace podporuje, například přidáním bigtiff=True do tifffile.imwrite.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Převod nezlepší zdrojový snímek. Pokud NDPI obsahuje data ze skeneru komprimovaná pomocí JPEG, export do TIFF nemůže obnovit detaily ztracené při skenování.
• Export do TIFF může zahodit pyramidu rozlišení NDPI, údaje o zaostření, kalibraci skeneru, anotace, makrosnímky a proprietární metadata. Původní NDPI si ponechte jako archivní originál.
• Pokud je vyžadována další analýza, použijte bezztrátovou kompresi TIFF, například Deflate nebo LZW. Kompresi JPEG v TIFF nepoužívejte pro měření ani opakované úpravy.
• Snímky celých preparátů mohou mít v plném rozlišení desítky nebo stovky gigabajtů. Tiled BigTIFF nebo OME-TIFF je obecně praktičtější než jediný TIFF bez dlaždic, kompatibilita se však mezi aplikacemi liší.
• Po převodu ověřte rozměry v pixelech, kalibraci v mikrometrech na pixel, barevný profil a orientaci; tyto hodnoty se nemusí přenést automaticky.