Online konvertor NDPI do JPG zdarma

Co je formát NDPI

NDPI je proprietární formát obrázků celých sklíček vytvořený především pro skenery Hamamatsu NanoZoomer. Může obsahovat extrémně velké mikroskopické snímky s více rozlišeními používané v digitální patologii, výzkumu a archivaci sklíček.

Soubory NDPI můžete najít v softwaru Hamamatsu NDP.view2, QuPath, Fiji/ImageJ s Bio-Formats a v aplikacích založených na knihovně OpenSlide. Soubor NDPI může mít mnoho gigabajtů a může obsahovat několik úrovní rozlišení, takže není ekvivalentem běžné fotografie v jedné vrstvě.

Co je formát JPG

JPG, také označovaný jako JPEG, je široce podporovaný rastrový formát obrázků využívající ztrátovou kompresi. Je vhodný pro náhledy sklíček, zprávy, prezentace, webové stránky, e-mailové přílohy a obecnou úpravu obrázků.

Soubory JPG jsou obvykle mnohem menší než soubory NDPI a lze je otevřít bez specializovaného mikroskopického softwaru. Formát nezachovává pyramidu NDPI, metadata specifická pro skener, anotace, více ohniskových rovin ani diagnostická obrazová data.

Jak skutečně převést NDPI na JPG

Použijte online převodník

Soubor můžete zdarma převést na 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor .ndpi, zvolte JPG jako výstupní formát, spusťte převod a stáhněte výsledný obrázek. U velmi velkých sklíček použijte metodu pro počítač nebo exportujte menší oblast, protože JPG v plném rozlišení může překročit limity paměti nebo velikosti souboru.

Exportujte náhled sklíčka pomocí OpenSlide a Python

OpenSlide je určen ke čtení formátů celých sklíček včetně mnoha souborů NDPI. Nainstalujte systémovou knihovnu OpenSlide pro svůj operační systém a poté nainstalujte vazby Pythonu a Pillow:

pip install openslide-python pillow

Uložte tento kód jako ndpi_to_jpg.py a nahraďte název vstupního souboru:

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
image = slide.get_thumbnail((6000, 6000)).convert("RGB")
image.save("sample.jpg", "JPEG", quality=90, optimize=True)

Spusťte jej pomocí:

python ndpi_to_jpg.py

get_thumbnail() vytvoří náhled celého sklíčka omezený na 6000 × 6000 pixelů. Pro větší množství detailů tyto rozměry zvyšte, ale před exportem velmi velkých obrázků zkontrolujte dostupnou paměť.

Exportujte vybranou oblast ve vysokém rozlišení

U oblasti tkáně, která musí zachovat více detailů, načtěte oblast na zvolené úrovni pyramidy namísto převodu celého sklíčka:

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
region = slide.read_region((10000, 15000), 0, (4000, 3000)).convert("RGB")
region.save("region.jpg", "JPEG", quality=95)

Souřadnice se měří od levého horního rohu na úrovni 0, která obvykle představuje nejvyšší dostupné rozlišení. Změňte umístění a rozměry podle požadované oblasti tkáně. Souřadnice úrovně 0 a dostupné úrovně lze zobrazit pomocí slide.level_dimensions.

Použijte QuPath nebo Fiji

QuPath dokáže otevřít podporované soubory NDPI prostřednictvím OpenSlide. Otevřete sklíčko, vyberte požadované zobrazení nebo oblast a pomocí File → Export images exportujte JPG. Ve Fiji/ImageJ otevřete soubor prostřednictvím File → Open Samples nebo importéru Bio-Formats a poté použijte File → Save As → JPEG. Názvy nabídek se mohou lišit podle verze aplikace a nainstalovaných pluginů.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Export do JPG je ztrátový. Pro běžné použití použijte hodnotu kvality přibližně 90–95 a vyhněte se opakovanému otevírání a opětovnému ukládání stejného souboru JPG. Pokud je vyžadována analýza na úrovni pixelů, anotace nebo bezztrátové uchování, je vhodnější PNG nebo TIFF.

JPG celého sklíčka může být i po kompresi pro některé prohlížeče příliš velký. Export náhledu nebo oblasti je obecně kompatibilnější než převedení celého sklíčka do jediného obrázku v maximálním rozlišení.

Nepoužívejte JPG jako archivní nebo diagnostickou náhradu zdrojového souboru NDPI. Odstraňuje strukturu s více rozlišeními a může způsobit kompresní artefakty, které ovlivní jemné buněčné detaily. Původní soubor NDPI si ponechte a JPG považujte za kopii určenou k prezentaci nebo sdílení.