Online konvertor NDPI do PNG zdarma

Soubory NDPI jsou mikroskopické snímky celých sklíček, zatímco PNG podporují běžné editory obrázků, prohlížeče a prezentační software. Převod je užitečný, když potřebujete sdílet snímek sklíčka, opatřit vybranou oblast poznámkami nebo použít mikroskopická data v softwaru, který nedokáže číst formát společnosti Hamamatsu.

Co je formát NDPI

NDPI je formát digitální patologie společnosti Hamamatsu pro naskenovaná mikroskopická sklíčka vytvořená systémy NanoZoomer. Obvykle obsahuje velmi rozsáhlou obrazovou pyramidu s více rozlišeními a může také ukládat více ohniskových rovin, snímky štítků a metadata sklíčka.

Se soubory NDPI se obvykle setkáte v patologických laboratořích, při lékařském výzkumu, na univerzitních pracovištích zobrazování a v datových sadách exportovaných ze skenerů Hamamatsu NanoZoomer. Protože jedno sklíčko může obsahovat miliardy pixelů, je soubor NDPI mnohem větší a složitější než běžná fotografie. Podpora se mezi aplikacemi liší; QuPath, Fiji s Bio-Formats a software založený na OpenSlide dokážou číst mnoho souborů NDPI.

Co je formát PNG

PNG je bezztrátový rastrový obrazový formát podporovaný webovými prohlížeči, editory obrázků, kancelářským softwarem a většinou operačních systémů. Během kódování zachovává přesné hodnoty pixelů a podporuje průhlednost, ale obecně nepřevádí použitelným způsobem obrazovou pyramidu sklíčka NDPI, data ohniskových rovin, anotace ani metadata skeneru.

PNG je vhodný pro obrázky, snímky obrazovky, anotované oblasti tkáně, zprávy a zobrazování na webu. Obvykle není vhodný jako náhrada archivu původního sklíčka, protože export celého sklíčka v plném rozlišení může být extrémně velký.

Jak skutečně převést NDPI na PNG

Pomocí 101convert.com

1. Otevřete převodník NDPI-to-PNG na 101convert.com; službu lze používat zdarma bez instalace softwaru.
2. Nahrajte soubor .ndpi a jako výstupní formát vyberte PNG.
3. Spusťte převod a po dokončení zpracování stáhněte výsledný soubor .png.

U velmi velkých sklíček mohou limity nahrávání, doba zpracování a výstupní rozměry znemožnit úplný převod v plném rozlišení. Export vybrané oblasti pomocí desktopového patologického softwaru je obvykle praktičtější.

Pomocí QuPath

1. Nainstalujte QuPath a otevřete soubor NDPI pomocí File → Open. QuPath používá podporu Bio-Formats nebo OpenSlide v závislosti na souboru a konfiguraci.
2. Nastavte zobrazení obrázku na požadované zvětšení. U celého sklíčka použijte funkci exportu obrázku; u části tkáně nejprve definujte obdélníkovou oblast nebo anotaci.
3. Vyberte File → Export image nebo odpovídající exportní příkaz ve vaší verzi QuPath, zvolte PNG a nastavte výstupní rozlišení nebo faktor zmenšení.
4. Exportujte obrázek. Pokud vybraná oblast překračuje limity PNG nebo dostupné paměti, exportujte místo jednoho obrovského souboru několik dlaždic.

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importér Bio-Formats.
2. Otevřete soubor pomocí File → Open nebo použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. V importéru vyberte požadovanou sérii, úroveň rozlišení a oblast. Neotevírejte celý snímek v nativním rozlišení, pokud počítač nemá dostatek paměti a úložného prostoru.
4. Uložte zobrazený nebo vybraný obrázek pomocí File → Save As → PNG.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Komprese PNG je bezztrátová, ale převod nemůže obnovit detaily, které byly odstraněny výběrem nižší úrovně pyramidy nebo zmenšením. Pokud bude PNG použito pro měření nebo publikaci, zaznamenejte exportovanou velikost pixelu, zvětšení a souřadnice oblasti.

PNG celého sklíčka může překročit běžné limity rozměrů obrázku nebo paměti. QuPath nebo Fiji dokážou spolehlivěji exportovat zmenšený přehled nebo samostatné dlaždice než jeden obrázek v nativním rozlišení. Původní soubor NDPI si ponechte pro diagnostické, kvantitativní nebo archivní použití, protože PNG obvykle vynechává obrazovou pyramidu NDPI, metadata skeneru, vrstvy zaostření a strukturu specifickou pro patologii.

Soubory NDPI mohou v metadatech nebo názvech souborů obsahovat informace o pacientovi nebo vzorku. Před sdílením exportovaných obrázků odstraňte identifikační údaje a po převodu ověřte PNG při 100% přiblížení, abyste zkontrolovali oříznutí, orientaci, barvy a zvolené rozlišení.