Online konvertor CZI do PNG zdarma

Mikroskopické týmy vytvářejí kopie PNG, když zprávy, prezentační software, webové systémy nebo spolupracovníci potřebují standardní obrázek namísto datového kontejneru ZEISS. PNG je obvykle vykreslené 2D zobrazení, proto musí původní CZI zůstat k dispozici pro analýzu a opětovné zpracování.

Co je formát CZI

CZI je proprietární formát kontejneru pro mikroskopická data používaný softwarem ZEISS ZEN a zobrazovacími systémy ZEISS. Soubor .czi může obsahovat několik scén, fluorescenčních kanálů, Z-snímků, časových bodů, dlaždicových skenů, pyramidových úrovní, pozic stolku, kalibračních dat, nastavení objektivu a metadata o akvizici.

Soubory CZI jsou běžné při konfokální mikroskopii, skenování preparátů, zobrazování tkání, zobrazování buněk a časosběrných experimentech. ZEISS ZEN načítá CZI přímo, zatímco Fiji/ImageJ jej dokáže načíst prostřednictvím importéru Bio-Formats.

Co je formát PNG

PNG je bezeztrátově komprimovaný rastrový obrazový formát podporovaný prohlížeči, kancelářským softwarem, operačními systémy a editory obrázků. Je vhodný pro jednu rovinu, vykreslený složený obraz kanálů, obrázek s anotacemi nebo přehledový obrázek, protože zabraňuje artefaktům komprese JPEG.

PNG ukládá celočíselné pixely ve stupních šedi, RGB nebo RGBA, včetně 8bitových a 16bitových vzorků podle specifikace formátu. Nemůže ukládat zásobník kanálů, Z-dimenzi, časovou dimenzi, rozložení dlaždic, kalibraci ani metadata o akvizici ze souboru CZI jako ekvivalentní mikroskopický dataset. PNG nepodporuje pixely s plovoucí desetinnou čárkou.

Převod souboru CZI na PNG

Pro rychlý export nahrajte soubor .czi do převodníku na webu 101convert.com, zvolte PNG a stáhněte výsledek. To je vhodné pro jednoduchý 2D obrázek nebo náhled, výstup však pečlivě zkontrolujte: vícerozměrný soubor CZI může vyžadovat výběr scény, kanálu, Z-roviny, časového bodu nebo vykresleného složeného obrazu, což automatický převod nemusí správně určit.

Nenahrávejte data pacientů, nepublikované výsledky ani omezená mikroskopická data, pokud externí přenos není povolen příslušnými institucionálními pravidly.

Export pomocí ZEISS ZEN

1. Otevřete soubor CZI v ZEISS ZEN.
2. Vyberte požadovanou scénu, kanál nebo složený obraz kanálů, Z-rovinu, časový bod a oblast.
3. Nastavení barev kanálů a rozsahů zobrazení upravujte pouze při exportu pro prezentaci nebo publikaci.
4. Použijte příkaz pro export specifický pro danou verzi, který se obvykle nachází pod položkou File → Export nebo v kontextové nabídce obrázku, a vyberte PNG.
5. Zvolte výstupní velikost a bitovou hloubku, pokud jsou k dispozici, a poté ověřte exportovaný soubor podle vybraného zobrazení.

ZEN je nejbezpečnější volbou pro soubory obsahující rozložení scén specifické pro ZEISS, dlaždicové skeny nebo nastavení zobrazení, protože interpretuje akvizici ve svém nativním prostředí. Názvy nabídek a dostupné ovládací prvky exportu se liší podle verze ZEN a licencovaného modulu.

Export pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, jehož součástí je Bio-Formats.
2. Otevřete Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, vyberte soubor CZI a zvolte požadovanou sérii. Série často představuje jednu scénu, pozici nebo oblast akvizice.
3. Pomocí ovládacích prvků hyperstacku vyberte požadovaný kanál, Z-řez a časový bod.
4. U samostatných dat kanálů použijte Image → Color → Split Channels a exportujte každou požadovanou rovinu. U složeného obrazu pro zobrazení nastavte kanály a před uložením použijte Image → Type → RGB Color.
5. Uložte vybraný obrázek prostřednictvím File → Save As → PNG a použijte názvy, například sample_c1_z005_t012.png.

Běžný PNG představuje jeden rastrový obrázek, nikoli Z-stack nebo časovou řadu. Exportujte roviny jako očíslované soubory nebo použijte File → Export → Image Sequence, pokud je pro mnoho rovin potřeba více samostatných souborů PNG.

Bio-Formats obsahuje také bfconvert pro automatizované pracovní postupy. Informace o možnostech sérií, rovin a vzorů názvů souborů v nainstalované verzi zobrazíte pomocí bfconvert -help; před dávkovým převodem otestujte jeden reprezentativní soubor CZI.

Úskalí kvality a kompatibility

Bezeztrátová komprese PNG neznamená, že export je bezeztrátový. Oříznutí, převzorkování, míchání kanálů, vykreslení barev, změny kontrastu a převod ze zdrojových dat s 16bitovou přesností nebo s plovoucí desetinnou čárkou mohou odstranit nebo změnit informace ještě před kompresí PNG.

Zobrazený fluorescenční složený obraz je obvykle 8bitové vykreslení RGB. Jeho hodnoty pixelů odpovídají vybraným LUT, rozsahu zobrazení, hodnotě gama a prolnutí kanálů, nikoli původním hodnotám intenzity. Pro kvantitativní práci si ponechte CZI a exportujte jednotlivé zdrojové kanály s dostupnou přesností; výslednou bitovou hloubku ověřte v přijímajícím softwaru, protože mnoho univerzálních prohlížečů spolehlivě zobrazuje pouze 8bitové obrázky.

PNG nezachovává velikost voxelu, měřítko, názvy kanálů, časová razítka, podrobnosti o objektivu, souřadnice stolku ani Z-rozestup. Měřítko přidávejte pouze do kopie určené pro prezentaci a kalibraci i nastavení zobrazení zaznamenejte samostatně.

Celoplošné skeny a sešité mozaiky mohou být pro běžné prohlížeče PNG příliš velké nebo mohou při exportu vyžadovat značné množství paměti. Místo toho exportujte oblast zájmu, zmenšený přehled nebo samostatné dlaždice. Pokud musí výměnný soubor zachovat vícerozměrná obrazová data a metadata, použijte OME-TIFF nebo jiný formát určený pro mikroskopická data.