Online konvertor VSI do PNG zdarma

Software pro mikroskopy Olympus ukládá obrazy celých preparátů ve formátu VSI, zatímco mnoho editorů obrázků, prohlížečů a dokumentačních systémů přijímá formát PNG. Převodem vznikne přenosný rastrový obraz vhodný ke sdílení, anotaci, použití na webu nebo základním úpravám, může však představovat pouze jeden vybraný pohled na preparát, nikoli kompletní datovou sadu s více rozlišeními.

Co je formát VSI

VSI obvykle znamená Virtual Slide Image, proprietární formát pro mikroskopické obrazy celých preparátů vytvořený softwarem Olympus, například cellSens, a prohlížený pomocí OlyVIA. Ukládá mikroskopické obrazy ve více rozlišeních, často jako dlaždicová data, společně s metadaty o pořízení.

Datová sada VSI může obsahovat přidružené soubory .ets obsahující obrazová data. Soubor .vsi a jeho doprovodné soubory ponechte ve stejné složce; otevření pouze souboru VSI může vést k neúplnému obrazu nebo chybějící sérii. Pokud přípona pochází z jiného softwaru než z aplikací Olympus pro mikroskopii, nejprve určete její zdroj, protože VSI není univerzální formát s jediným účelem.

Co je formát PNG

PNG je bezztrátový, široce podporovaný rastrový formát. Zachovává hodnoty pixelů bez ztrát způsobených opakovaným generováním JPEG a podporuje průhlednost, takže je vhodný pro ilustrace, snímky obrazovky, anotace preparátů, prezentace a webové stránky.

PNG nezachovává strukturu datové sady VSI, metadata mikroskopu, úrovně zaostření ani pyramidu rozlišení. Převedený PNG je obvykle jedna rasterizovaná obrazová rovina nebo jedno vybrané zorné pole.

Jak převést VSI na PNG

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importér Bio-Formats, a všechny soubory patřící k datové sadě VSI ponechte v jedné složce.
2. Spusťte Fiji a zvolte File → Open, poté vyberte soubor .vsi. Pokud se Fiji zeptá, zda použít Bio-Formats, potvrďte to.
3. V dialogu Bio-Formats Import Options vyberte požadovanou sérii. U souboru s celým preparátem zvolte požadovanou úroveň rozlišení nebo oblast, místo načítání preparátu v maximálním rozlišení, pokud je paměť počítače omezená.
4. Pro celý obraz nebo vybranou oblast použijte nástroje Fiji pro oříznutí nebo výběr oblasti. Pokud musí být výstupem standardní barevný PNG, převeďte zobrazení na RGB pomocí Image → Type → RGB Color.
5. Zvolte File → Save As → PNG a výsledek uložte s příponou .png.

Export PNG z Fiji obecně uloží aktivní obrazovou rovinu. Pokud se při importu otevřel zásobník, exportujte požadovaný snímek nebo použijte pracovní postup s obrazovou sekvencí pro více rovin; neočekávejte, že jeden soubor PNG bude obsahovat původní zásobník VSI.

Pomocí softwaru Olympus

Otevřete datovou sadu v OlyVIA nebo cellSens, vyberte požadované zvětšení a oblast a poté použijte příkaz aplikace pro export obrazu, který se obvykle nachází v nabídce File → Export nebo File → Save As. Zvolte PNG a před uložením nastavte rozměry nebo rozlišení exportu. Názvy nabídek se mezi verzemi produktů Olympus liší.

Převod online

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Pokud převaděč vyžaduje přidružené soubory, nahrajte kompletní datovou sadu VSI; samostatný soubor .vsi nemusí obsahovat všechny obrazové pixely. Online převod není vhodný pro důvěrná pacientská nebo výzkumná data, pokud podmínky nakládání s daty na daném webu nesplňují vaše požadavky.

Omezení kvality a kompatibility

Rozlišení výstupu vybírejte záměrně. Export přehledu v nízkém rozlišení vytvoří malý PNG, ale odstraní jemné buněčné detaily; export celého preparátu v plném rozlišení může vytvořit velmi velký obraz, který překročí limity formátu PNG, prohlížeče nebo aplikace.

PNG podporuje 8bitová a 16bitová data ve stupních šedi a RGB, běžné prohlížeče však mohou 16bitové obrazy zobrazit nesprávně nebo je převést na 8bitové. Pro běžné barevné ilustrace je nejkompatibilnější volbou RGB PNG. Původní soubory VSI uchovejte, pokud jsou důležitá metadata, kalibrace, z-složky, více ohniskových rovin nebo budoucí opětovné zpracování.