Online konvertor VSI do TIFF zdarma

Co je formát VSI

VSI je proprietární formát virtuálních preparátů používaný společností Olympus, nyní Evident, a skenery mikroskopů, jako je VS-120. OlyVIA a související zobrazovací software Olympus vytvářejí a otevírají soubory VSI pro mikroskopii celých preparátů.

Datová sada VSI obvykle obsahuje hlavní soubor .vsi a přidružené složky nebo soubory obsahující obrazové dlaždice, více rozlišení, kanály, zaostřovací roviny a metadata mikroskopu. Obraz je běžně uložen jako dlaždicová pyramida s více rozlišeními, nikoli jako jeden běžný bitmapový obrázek. Se soubory VSI se můžete setkat v patologických laboratořích, výzkumných archivech a datových sadách exportovaných ze skenerů preparátů Olympus.

Co je formát TIFF

TIFF je široce podporovaný formát rastrových obrázků používaný nástroji ImageJ, Photoshop, softwarem pro vědecké zobrazování, aplikacemi pro stolní publikování a digitálními archivy. Podporuje bezztrátovou kompresi, vysokou bitovou hloubku, více kanálů a velké obrázky; při překročení klasického limitu velikosti TIFF přibližně 4 GB je vyžadován BigTIFF.

TIFF je vhodný, když potřebujete vybrané zorné pole mikroskopu pro analýzu, sloučený obraz pro úpravy nebo široce kompatibilní archivní kopii. Běžný TIFF automaticky nezachová všechny vlastnosti virtuálního preparátu VSI, například kompletní pyramidu, anotace skeneru, proprietární metadata nebo všechny série zaostření a kanálů.

Jak skutečně převést VSI na TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importér Bio-Formats. Původní soubor .vsi a všechny složky, které jsou s ním dodány, ponechte ve stejném relativním uspořádání.
2. Otevřete soubor pomocí File → Open nebo použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer a vyberte soubor .vsi.
3. V dialogovém okně importu vyberte požadovanou obrazovou sérii. Jeden preparát může obsahovat několik sérií pro různá rozlišení, kanály nebo zaostřovací roviny.
4. Zvolte, zda chcete otevřít obraz v plném rozlišení, nebo sérii s nižším rozlišením. U velmi velkých preparátů použijte oblast zájmu nebo sérii s nižším rozlišením namísto načtení celého preparátu do paměti.
5. Uložte vybraný obraz pomocí File → Save As → TIFF. Pokud je obraz větší než 4 GB, povolte BigTIFF, jestliže tuto možnost poskytuje dostupná verze Fiji/ImageJ, nebo exportujte menší oblasti.

Pomocí příkazového řádku Bio-Formats

Bio-Formats obsahuje nástroj bfconvert, který dokáže načíst mnoho datových sad VSI a zapsat výstup TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Pokud VSI obsahuje více sérií, nejprve datovou sadu prohlédněte pomocí Bio-Formats nebo Fiji a poté požadované série převádějte samostatně. Pokud předpokládaná velikost výstupu překročí 4 GB, použijte možnost výstupu BigTIFF podporovanou nainstalovanou verzí Bio-Formats. Původní datovou sadu VSI uchovejte, protože převod může sloučit rozměry nebo odstranit metadata specifická pro výrobce.

Pomocí online konvertoru

Soubor můžete zdarma převést na 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor VSI, jako výstupní formát zvolte TIFF, spusťte převod a stáhněte výsledek. Pokud VSI odkazuje na doprovodná data, ponechte tyto soubory k dispozici a v případě, že prohlížečový konvertor nedokáže obnovit celý preparát, použijte desktopový Bio-Formats.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Pokud záleží na zachování hodnot pixelů, zvolte bezztrátovou kompresi TIFF, například LZW nebo Deflate. Komprese JPEG může způsobit artefakty a není vhodná pro kvantitativní mikroskopii.
• Zkontrolujte typ exportovaných pixelů. VSI v odstínech šedi s 16bitovou hloubkou nebo vícekanálový VSI by neměl být nechtěně převeden na 8bitový obraz, protože by se tím snížila přesnost intenzity.
• Po exportu ověřte fyzické měřítko. Metadata o velikosti pixelu nemusí být ve sloučeném TIFF zachována, proto v případě potřeby měření uchovejte informace o původním zvětšení a mikrometrech na pixel samostatně.
• Vícekanálový VSI nebo VSI se zásobníkem vrstev z může být v závislosti na zvoleném nastavení Bio-Formats exportován jako samostatné série TIFF, stránky nebo soubory. Ověřte, že jsou přítomny všechny požadované kanály a roviny.
• Velké TIFF soubory celých preparátů mohou překročit limity aplikace nebo souborového systému. Export definované oblasti, výběr série s nižším rozlišením nebo použití BigTIFF zabrání chybám způsobeným nedostatkem paměti či klasickým limitem velikosti TIFF.