Online konvertor OIB do TIFF zdarma

Co je formát OIB

OIB znamená Olympus Image Binary. Jedná se o proprietární kontejner používaný fluorescenčními, konfokálními a dalšími mikroskopickými systémy Olympus k ukládání obrazových rovin, kanálů, z-stacků, časových bodů, náhledů a metadat akvizice.

Soubory OIB běžně vytvářejí Olympus cellSens, Olympus FluoView a související zobrazovací software Olympus. Můžete se s nimi setkat při přijetí mikroskopických dat z přístroje Olympus nebo při exportu experimentu z pracovní stanice Olympus. Soubor OIB může obsahovat více obrazových sérií, takže nemusí vždy odpovídat jednomu běžnému obrazu.

Co je formát TIFF

TIFF je široce podporovaný rastrový obrazový formát používaný v editorech obrázků, vědeckém obrazovém softwaru, publikačních systémech a archivních pracovních postupech. Podporuje obrazy ve stupních šedi, RGB a s vysokou bitovou hloubkou a může používat bezztrátovou kompresi, například LZW nebo Deflate.

TIFF je vhodný, když jiná aplikace nedokáže otevřít OIB, když je třeba upravovat jednotlivé roviny nebo když je potřeba široce čitelná archivní kopie. Pro z-stacky, časové řady a vícekanálová data je vhodnější OME-TIFF, protože ukládá standardizovaná mikroskopická metadata společně s obrazovými daty TIFF.

Jak skutečně převést OIB do TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obvykle obsahuje Bio-Formats Importer.
2. Otevřete soubor prostřednictvím File → Open a vyberte sample.oib. Pokud se Fiji zeptá, kterou sérii otevřít, vyberte požadovanou sérii.
3. V dialogu importu Bio-Formats zachovejte původní bitovou hloubku. Pro velké z-stacky a časové řady použijte hyperstack nebo virtual stack; vyhněte se převodu do RGB, pokud jej cílová aplikace nevyžaduje.
4. Pro jednu rovinu nebo jednoduchý obraz zvolte File → Save As → Tiff a uložte jej jako sample.tif.
5. Pro vícerozměrný dataset použijte, pokud je k dispozici, Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter a vyberte OME-TIFF nebo jinou možnost výstupu TIFF. Před exportem zkontrolujte, zda jsou zahrnuty kanály, řezy a snímky.

Pomocí příkazového řádku Bio-Formats

Nástroj příkazového řádku Bio-Formats dokáže převést jednoduchý dataset OIB pomocí:

bfconvert sample.oib sample.tif

Pokud OIB obsahuje několik sérií, použijte možnost výběru série, například bfconvert -series 0 sample.oib sample.tif. Každou požadovanou sérii exportujte samostatně, pokud cílová aplikace nedokáže číst vícestránková data nebo OME-TIFF.

Převod bez instalovaného softwaru

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte OIB, jako výstupní formát zvolte TIFF, spusťte převod a stáhněte výsledný soubor. Tento postup nepoužívejte pro důvěrná data pacientů, klinická data nebo nepublikovaná výzkumná data, pokud zásady ochrany soukromí a uchovávání dat na daném webu nesplňují vaše požadavky.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Převod do TIFF mikroskopická data nezlepšuje; mění kontejner a může změnit způsob reprezentace metadat a rozměrů. Původní OIB uchovejte jako zdrojový soubor a poté TIFF zkontrolujte z hlediska bitové hloubky, pořadí kanálů, počtu z-řezů, časových bodů, informací o měřítku a orientace.

Běžný TIFF může zploštit hyperstack, zahodit metadata akvizice nebo uložit pouze aktuálně zobrazenou rovinu. Export OME-TIFF prostřednictvím Bio-Formats je pro vědeckou analýzu bezpečnější, protože může zachovat vícerozměrnou strukturu a standardizovaná metadata. Bezztrátová komprese TIFF nesnižuje hodnoty pixelů, zatímco komprese JPEG může způsobit artefakty a při kvantitativní mikroskopii by se jí mělo vyhnout.