Online konvertor OIB do PNG zdarma

Co je formát OIB

OIB neboli Olympus Image Binary je proprietární kontejner používaný zobrazovacími systémy Olympus, jako je FluoView, a souvisejícím softwarem mikroskopu. Soubor OIB může obsahovat jednu nebo více obrazových sérií s metadaty, kanály, Z-stacky, časovými body a nastaveními akvizice. Můžete se s ním setkat po obdržení dat z konfokální mikroskopie nebo po exportu obrázků ze zobrazovacího softwaru Olympus.

Co je formát PNG

PNG je bezztrátový rastrový obrazový formát podporovaný webovými prohlížeči, prezentačním softwarem, editory obrázků a operačními systémy. Zachovává hodnoty pixelů bez kompresních artefaktů typických pro JPEG a podporuje průhlednost, ale nezachovává metadata mikroskopu ani vícerozměrnou strukturu obsaženou v souboru OIB. PNG je vhodný pro vybranou 2D rovinu, obraz kanálu nebo vykreslenou projekci Z-stacku.

Jak převést OIB na PNG

Pomocí Fiji a Bio-Formats

Fiji je praktickou desktopovou volbou, protože jeho importér Bio-Formats dokáže načíst mnoho variant Olympus OIB.

1. Nainstalujte Fiji z oficiální distribuce Fiji a spusťte jej.
2. Vyberte File → Open a zvolte soubor .oib. Fiji obvykle automaticky spustí Bio-Formats; pokud tak neučiní, použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. V dialogovém okně importu vyberte požadovanou sérii a nastavte kanál, Z-řez a časový bod. Pokud musí exportovaný vzhled odpovídat zobrazení v mikroskopu, použijte kompozitní nebo kolorované zobrazení.
4. Pro jednu zobrazenou rovinu vyberte File → Save As → PNG a zadejte název souboru, například sample.png.
5. Pro Z-stack použijte Image → Stacks → Z Project, vyberte metodu projekce, například Maximum Intensity, a poté uložte výsledný 2D obrázek pomocí File → Save As → PNG.

Chcete-li převést soubor bez instalace softwaru, nahrajte soubor OIB do převodníku na webu 101convert.com, jako výstupní formát zvolte PNG, spusťte převod a stáhněte výsledný soubor. To je vhodné pro běžný export obrázků; pokud OIB obsahuje citlivá výzkumná data nebo více sérií, výstup pečlivě ověřte.

Pomocí softwaru Olympus

Pokud byl soubor vytvořen v softwaru Olympus FluoView nebo kompatibilním zobrazovacím softwaru Olympus, otevřete jej v daném programu, vyberte požadovanou sérii nebo rovinu a pomocí File → Export nebo Save As zvolte PNG. Přesný název nabídky závisí na verzi softwaru. Pokud je nutné zachovat barvy kanálů a anotace, exportujte zobrazený kompozitní obrázek.

Úvahy týkající se kvality a kompatibility

Export do PNG obvykle vytvoří 8bitový RGB nebo indexovaný obrázek vhodný k prohlížení, nikoli archiv vědeckých dat. 16bitový obraz ve stupních šedi nebo vícekanálový OIB může být během exportu zredukován nebo vykreslen v závislosti na importéru a vybraném nastavení; původní OIB si ponechte pro kvantitativní analýzu.

Po převodu zkontrolujte rozměry výstupu, barvy kanálů, bitovou hloubku a vzhled měřítka. Pokud OIB obsahuje několik sérií, převod pouze první otevřené série může vynechat další zorná pole nebo podmínky akvizice. PNG nezachovává všechna metadata OIB, kalibrační informace, údaje o pozici Z, časové body ani nastavení mikroskopu.