Online konvertor SVS do PNG zdarma

Co je formát SVS

SVS je formát snímků celých preparátů od Aperio založený na TIFF, který běžně vytvářejí skenery preparátů Leica Biosystems/Aperio. Soubor SVS může obsahovat velmi rozsáhlý primární snímek preparátu, několik pyramidových úrovní s nižším rozlišením, snímek štítku, makrosnímek a metadata skeneru.

Se soubory SVS se typicky setkáte v systémech digitální patologie, nemocničních nebo laboratorních archivech a v softwaru pro prohlížení preparátů, jako jsou QuPath, ImageJ/Fiji s Bio-Formats, Aperio ImageScope a další aplikace podporující snímky celých preparátů. Protože soubor může představovat celý mikroskopický preparát při vysokém zvětšení, může mít velikost několik gigabajtů.

Co je formát PNG

PNG je široce podporovaný rastrový formát pro webové stránky, zprávy, prezentace, snímky obrazovky a úpravu obrázků. Používá bezztrátovou kompresi a podporuje průhlednost, ale nezachovává obrazovou pyramidu SVS, strukturu navigace v celém preparátu ani většinu metadat specifických pro patologii.

PNG je vhodný, když potřebujete přenosný obrázek celého preparátu v nižším rozlišení nebo oříznutou oblast při vybraném zvětšení. Pro archivaci diagnostických obrazových dat je obvykle méně vhodný než TIFF nebo původní SVS.

Jak skutečně převést SVS na PNG

Pomocí QuPath

1. Nainstalujte a otevřete QuPath, poté zvolte File → Open a vyberte soubor .svs.
2. Počkejte, až se načte obrazová pyramida preparátu. Přibližte oblast tkáně a nastavte požadované zvětšení.
3. Pro oříznutí označte požadovanou oblast pomocí obdélníkového nebo polygonového nástroje anotace.
4. Zvolte File → Export snapshot... a jako výstupní formát vyberte PNG. Pokud není vybrána žádná anotace, snímek obvykle představuje aktuální oblast prohlížeče.
5. Nastavte požadované výstupní rozlišení nebo rozměry obrázku, zvolte cílový název souboru, například sample.png, a proveďte export.

QuPath je obecně nejpraktičtější desktopová možnost, protože načítá pyramidu SVS a umožňuje exportovat snadno spravovatelnou oblast, aniž by bylo nutné načíst celý preparát do paměti.

Pomocí Fiji nebo ImageJ

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importér Bio-Formats.
2. Zvolte File → Open, vyberte soubor SVS a v případě výzvy povolte importér Bio-Formats.
3. Vyberte požadovanou obrazovou řadu a rozlišení pyramidy. Pro celý preparát zvolte nižší rozlišení, nebo vyšší rozlišení pro menší výřez.
4. Po otevření obrázku jej podle potřeby ořízněte pomocí nástroje obdélníkového výběru.
5. Zvolte File → Save As → PNG a uložte výsledek jako sample.png.

Pokud nechcete nic instalovat, služba 101convert.com dokáže zdarma převést soubor SVS na PNG. U velmi rozsáhlých preparátů mohou být překročeny limity pro nahrávání v prohlížeči, zpracování nebo velikost výstupu; pokud potřebujete mít kontrolu nad exportovanou oblastí a rozlišením, je vhodnější QuPath nebo Fiji.

Omezení kvality a kompatibility

Převod na PNG nezachová původní preparát jako navigovatelný snímek celého preparátu. Exportovaný soubor obsahuje pouze vybrané rozměry v pixelech a úroveň rozlišení, takže export preparátu při oddáleném zobrazení může odstranit buněčné detaily, které zůstávají dostupné v pyramidě SVS.

Export celého preparátu ve vysokém rozlišení může vytvořit rozměry příliš velké pro běžné čtečky PNG nebo vyžadovat více paměti RAM, než může aplikace přidělit. Export několika menších dlaždic nebo definované oblasti tkáně toto omezení obchází. PNG je po exportu bezztrátový, ale nedokáže obnovit detaily, které již byly ztraceny výběrem nižšího rozlišení SVS.

Původní SVS si ponechte pro diagnostické, kvantitativní nebo archivní použití. PNG používejte pro zobrazování a výměnu a informace o zvětšení při exportu, rozměrech v pixelech a oblasti uchovávejte samostatně, pokud tyto údaje ovlivňují interpretaci.