Online konvertor SVS do OME.TIFF zdarma

Soubory SVS z Aperio whole-slide scannerů se nemusí otevřít v softwaru, který očekává datový model OME. Jejich převod do OME-TIFF usnadňuje zpracování snímku ve Fiji, QuPath, OMERO a dalších mikroskopických systémech a při podporovaných operacích zachovává dlaždicová, vícerozlišovací obrazová data.

Co je formát SVS

SVS je varianta dlaždicového, pyramidového TIFF společnosti Aperio, používaná pro digital pathology slides. Scanery Aperio a Leica Biosystems vytvářejí soubory SVS obsahující tissue image ve vysokém rozlišení a pyramidové úrovně se sníženým rozlišením; soubor může také obsahovat label, macro, thumbnail nebo jiné související obrazy jako samostatné TIFF series.

Soubory SVS se běžně setkáte u systémů Aperio ScanScope, scannerů Leica eSlide, Aperio ImageScope a systémů pro archivaci pathology dat. Přestože je SVS založen na TIFF, jeho metadata specifická pro výrobce a organizace obrazových dat nejsou konzistentně zpracovávány běžnými TIFF aplikacemi.

Co je formát OME-TIFF

OME-TIFF ukládá obrazová data TIFF společně s metadaty OME-XML, která popisují rozměry, channels, fyzické velikosti pixelů, planes a související informace o obrazu. Je navržen pro interoperabilitu s aplikacemi kompatibilními s Bio-Formats, jako jsou Fiji, QuPath, OMERO a mnohé pipelines pro analýzu mikroskopických dat.

U whole-slide imaging může OME-TIFF obsahovat dlaždicové pyramidové úrovně, což softwaru umožňuje zobrazit velký slide bez načtení full-resolution plane do paměti. OME-TIFF je užitečný, když pathology nebo microscopy aplikace rozpoznává metadata OME, ale nespolehlivě interpretuje metadata SVS specifická pro Aperio.

Jak převést SVS do OME-TIFF

Pomocí nástrojů Bio-Formats pro příkazový řádek

bfconvert z Bio-Formats je nejpřímější univerzální možnost, protože načítá SVS pomocí Bio-Formats readeru a zapisuje OME-TIFF. Nainstalujte package s nástroji Bio-Formats a poté spusťte:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Nahraďte input.svs názvem zdrojového souboru a output.ome.tiff názvem cílového souboru. LZW je bezztrátová komprese a zabraňuje přidání JPEG artifacts. Pro dlaždicový vícerozlišovací výstup použijte pyramid options podporované vaší nainstalovanou verzí Bio-Formats:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex a -tiley nastavují rozměry tiles. -pyramid-resolutions 5 požaduje pět resolution levels a -pyramid-scale 2 nastaví, aby každá úroveň měla polovinu šířky a výšky předchozí úrovně. Spusťte bfconvert -help a ověřte názvy options, protože jednotlivé releases Bio-Formats se liší.

Pomocí Fiji

Ve Fiji nainstalujte nebo aktualizujte Bio-Formats, otevřete soubor přes File → Open, vyberte soubor SVS a povolte Bio-Formats Importeru otevřít series. U velmi velkých slides vyberte požadovanou full-resolution series namísto label nebo macro series. Export proveďte pomocí příkazu pro export Bio-Formats nebo TIFF dostupného ve vaší instalaci Fiji, vyberte OME-TIFF, pokud je nabízena tato možnost, a povolte tiled nebo pyramidal output, pokud exporter tyto options poskytuje.

Fiji může při otevírání nebo exportu whole slide vyžadovat značné množství paměti. Převod pomocí příkazového řádku Bio-Formats je u velmi velkých souborů SVS obvykle vhodnější, protože zabraňuje načtení celého obrazu do zobrazení Fiji.

Převod bez nainstalovaného softwaru

Soubor můžete zdarma převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor SVS, jako výstupní formát vyberte OME.TIFF, spusťte převod a stáhněte výsledek. Tuto metodu nepoužívejte u slides obsahujících údaje umožňující identifikaci pacientů, pokud služba a její podmínky nakládání s daty nesplňují požadavky vaší organizace.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Převod nemůže obnovit detaily ztracené při původní kompresi SVS. Pokud zdroj používá tiles komprimované pomocí JPEG, export s LZW zabrání další ztrátové kompresi, ale nezmění zdroj na bezztrátový.
• Metadata SVS nelze dokonale mapovat do OME-XML. Pole specifická pro scanner, annotations, informace o zaostření, macro images a proprietary tags mohou být vynechány nebo reprezentovány odlišně.
• Ověřte, zda výstup obsahuje tissue image, pyramid levels a všechny požadované label nebo macro series. Některé aplikace automaticky vyberou první series a mohou místo hlavního slide zobrazit související image.
• Soubory OME-TIFF mohou být velmi velké. Ujistěte se, že cílový filesystem podporuje velké soubory a má dostatek volného místa pro full-resolution image i pyramid levels; u výstupů překračujících limit klasického TIFF může být vyžadován BigTIFF.
• Výsledek ověřte v aplikaci, která jej bude používat. Před odstraněním originálu SVS zkontrolujte pixel dimensions, physical resolution, channel count, orientaci slide, navigaci v pyramidě a všechny požadované annotations.