Online konvertor IMS do OME.TIFF zdarma

Microscopy software a platformy pro analýzu obrazu mohou pro interoperabilitu, archivaci nebo následné zpracování ve Fiji a dalších nástrojích kompatibilních s OME vyžadovat OME-TIFF namísto nativního kontejneru IMS. Převod zachová obrazové roviny a podporovaná metadata a zároveň usnadní výměnu datasetu.

Co je formát IMS

IMS je nativní formát multidimenzionálních datasetů z mikroskopie používaný aplikací Imaris od společnosti Bitplane, která je nyní součástí Oxford Instruments. Obecně se jedná o kontejner založený na HDF5 pro obrazové roviny, kanály, Z-stacky, časové body, více úrovní rozlišení a vybraná metadata o akvizici.

Soubory IMS vytváří Imaris a mohou vznikat v pracovních postupech akvizice nebo analýzy mikroskopických dat zahrnujících konfokální, light-sheet, fluorescenční a další 3D zobrazovací systémy. Soubor IMS může obsahovat také objekty specifické pro Imaris, jako jsou povrchy, body, trajektorie a informace o scéně nebo renderování.

Co je formát OME.TIFF

OME-TIFF je formát mikroskopických dat založený na TIFF, jehož metadata OME-XML popisují rozměry, jako jsou kanál, Z, čas, velikost pixelu a fyzikální jednotky. Fiji/ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO a mnoho aplikací pro vědeckou analýzu obrazu jej dokáže číst.

OME-TIFF je užitečný, když je třeba dataset přenášet mezi mikroskopickými programy bez závislosti na Imaris. Podporuje multidimenzionální data, bezztrátovou kompresi, například LZW, ukládání do dlaždic a BigTIFF pro soubory větší než klasický limit velikosti TIFF.

Jak převést IMS na OME.TIFF

Pomocí Bio-Formats z příkazového řádku

1. Nainstalujte nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek nebo použijte instalaci Bio-Formats dodávanou s Fiji.
2. Spusťte bfconvert -compression LZW input.ims output.ome.tiff. LZW zachová hodnoty pixelů beze změny a zároveň zmenší velikost souboru.
3. U velmi velkého datasetu použijte BigTIFF a ukládání do dlaždic: bfconvert -bigtiff -tilex 512 -tiley 512 -compression LZW input.ims output.ome.tiff.
4. Pokud IMS obsahuje několik obrazových sérií, nejprve zkontrolujte dostupné série a exportujte požadovanou sérii pomocí volby série, například bfconvert -series 0 input.ims output.ome.tiff. Další série exportujte samostatně, pokud by je jediný výstupní soubor nereprezentoval správně.

Pomocí Fiji

1. Otevřete Fiji a zvolte File → Open, poté vyberte soubor IMS. Bio-Formats by jej měl otevřít prostřednictvím Bio-Formats Importer.
2. V importeru zkontrolujte nastavení série, kanálu, Z a časového bodu. Pokud je vyžadován kompletní stack, nevybírejte jedinou rovinu.
3. Použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, zvolte OME-TIFF, vyberte LZW nebo jinou bezztrátovou možnost a uložte výsledek s názvem souboru .ome.tiff.
4. Znovu otevřete výstup pomocí Bio-Formats a ověřte jeho rozměry, pořadí kanálů, typ pixelu a fyzikální měřítko.

Pomocí online převodníku

Soubor můžete zdarma převést na 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrávání není vhodné pro důvěrná nebo regulovaná mikroskopická data, pokud to nepovolují příslušné požadavky na ochranu soukromí a uchovávání dat; u velkých datasetů je obvykle praktičtější Bio-Formats.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Bio-Formats přenáší obrazové pixely a metadata, která mají ekvivalenty v OME-TIFF, ale nereprodukuje rozvržení scén Imaris, nastavení objemového renderování, povrchy, body, trajektorie, anotace ani jiné analytické objekty jako nativní funkce OME-TIFF. Původní soubor IMS si ponechte pro případ, že by tyto objekty byly později potřeba.

Pro kvantitativní zobrazování používejte výstup LZW nebo bez komprese. Komprese JPEG může změnit hodnoty intenzity a není vhodná pro měření. Velké časosběrné datasety nebo 3D datasety s vysokým rozlišením mohou vyžadovat BigTIFF a některé aplikace neumějí číst BigTIFF nebo každé multidimenzionální uspořádání OME-TIFF.

U převedeného souboru zkontrolujte názvy kanálů, pořadí kanálů, rozestup Z, časový interval, rozměry pixelů, bitovou hloubku a fyzikální jednotky. Proprietární nebo poškozené varianty IMS mohou ve starších verzích Bio-Formats selhat; aktualizace Bio-Formats nebo Fiji může problémy s kompatibilitou čtečky vyřešit.