Online konvertor CZI do OME.TIFF zdarma

Co je formát CZI

CZI je kontejner Zeiss Carl Zeiss Image používaný v ZEISS ZEN a souvisejících mikroskopických systémech. Může ukládat vícekanálové akvizice, z-stacky, časosběrné snímání, dlaždicové a spojené obrazy i obrazy s vysokou bitovou hloubkou, spolu s kalibrací, objektivem, kanály a metadaty akvizice. Obvykle se s ním setkáte po získání dat na mikroskopech ZEISS nebo při obdržení datasetů z laboratoře, která používá ZEN.

Co je formát OME-TIFF

OME-TIFF je obraz TIFF doplněný o metadata OME-XML popisující rozměry, jako jsou X, Y, Z, kanály, časové body a série obrazů. Je určen pro interoperabilitu s nástroji Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath a dalším softwarem pro vědecké zobrazování.

OME-TIFF je užitečný, když aplikace nedokáže otevřít CZI, když metadata musí odpovídat otevřené specifikaci nebo když analytická pipeline očekává vstup TIFF. Dokáže spolehlivěji zachovat vícestránková a multidimenzionální data než export jednotlivých snímků obrazovky, ačkoli přesný rozsah zachovaných metadat závisí na readeru a writeru.

Jak převést CZI na OME-TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importer a exporter Bio-Formats.
2. Otevřete zdrojový soubor pomocí File → Open a vyberte soubor .czi.
3. V dialogu Bio-Formats Import Options zachovejte podle potřeby původní multidimenzionální strukturu. Povolte View stack with ImageJ nebo otevřete obraz jako hyperstack; vyhněte se převodu na jedinou 8bitovou rovinu, pokud záleží na původní bitové hloubce.
4. Použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Jako výstupní formát vyberte OME-TIFF, zvolte požadovanou sérii, nastavte bezztrátovou kompresi, například LZW, pokud je k dispozici, a uložte soubor pod názvem jako sample.ome.tiff.
6. Znovu otevřete výsledek ve Fiji a před použitím k analýze zkontrolujte počet kanálů, Z-slice, časové body, typ pixelů a fyzické rozměry pixelů.

Pomocí příkazového řádku Bio-Formats

Nástroj příkazového řádku Bio-Formats bfconvert je vhodný pro opakovatelné konverze a dávkové zpracování. Základní konverze vypadá takto:

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Pro převod pouze první série obrazů a použití bezztrátové komprese LZW použijte:

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Cesty obsahující mezery uzavřete do uvozovek. U souborů obsahujících několik sérií zkontrolujte každou sérii a převádějte požadované série, místo abyste předpokládali, že první série obsahuje celý experiment. Přesné volby příkazového řádku závisí na nainstalované verzi Bio-Formats; jejich seznam zobrazíte spuštěním bfconvert -help.

Pomocí 101convert.com

Soubor můžete také bezplatně převést na 101convert.com bez instalace softwaru. Tato možnost je praktická pro jeden soubor, ale po stažení ověřte rozměry výstupu, metadata a velikost souboru, zejména u velkých mikroskopických datasetů nebo souborů obsahujících citlivá výzkumná data.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Pokud musí hodnoty pixelů zůstat nezměněné, zvolte bezztrátovou kompresi, například LZW, nebo nekomprimovaný výstup. Komprese JPEG může změnit kvantitativní měření a neměla by se používat pro analytická mikroskopická data.

Soubor CZI může obsahovat proprietární podrobnosti o akvizici, polohy stolku, nastavení přístroje, anotace, náhledy, přílohy nebo několik souvisejících sérií. OME-TIFF obvykle zachovává obrazové roviny a standardní metadata OME, ale nemusí zachovat každé pole specifické pro Zeiss. Původní CZI uchovávejte jako archivní master.

Velké datasety mohou překročit limity klasického TIFF nebo vytvářet velmi velké výstupní soubory. Pokud výstup přesahuje 4 GB, použijte verzi Bio-Formats s podporou BigTIFF a ověřte, že přijímající aplikace podporuje BigTIFF a vybrané uspořádání OME-TIFF. Kanály, Z-slice ani časové body neslučujte, pokud cílový program nevyžaduje dvourozměrný obraz.