Online konvertor OIB do OME.TIFF zdarma

Soubory OIB často vyžadují převod, když software pro mikroskopii, obrazové analytické workflow nebo repozitáře vyžadují interoperabilnější formát OME-TIFF. OME-TIFF zachovává multidimenzionální mikroskopická data a standardizovaná metadata pro použití v kompatibilních aplikacích.

Co je formát OIB

OIB je Olympus Image Binary, proprietární kontejner používaný zobrazovacími systémy Olympus a softwarem, jako jsou cellSens a starší workflow Fluoview. Může obsahovat jednu nebo více obrazových sérií s kanály, z-stacky, časovými body, pozicemi a metadaty o pořízení.

Soubory OIB se běžně objeví po obdržení dat z mikroskopu Olympus. Některé datové sady obsahují také doprovodný adresář OIF nebo související soubory; kompletní původní datovou sadu si ponechte, dokud nebude převod ověřen.

Co je formát OME-TIFF

OME-TIFF ukládá obrazová data TIFF společně s metadaty OME-XML, která popisují rozměry, kanály, fyzické velikosti pixelů, časové body a další vlastnosti mikroskopie. Podporují ho aplikace a knihovny včetně Fiji, ImageJ, QuPath, napari, OMERO a Bio-Formats.

OME-TIFF použijte, když přijímající aplikace vyžaduje otevřený mikroskopický formát, když je nutné data uložit do obrazového repozitáře nebo když workflow zpracování potřebuje standardizovaná metadata. Automaticky není menší než OIB; výslednou velikost určuje komprese a typ pixelu.

Jak převést OIB na OME-TIFF

Pomocí nástrojů Bio-Formats pro příkazový řádek

Bio-Formats je nejpřímější možností pro zachování rozměrů OIB a mikroskopických metadat. Nainstalujte nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek a poté spusťte:

bfconvert -overwrite input.oib output.ome.tiff

Soubor input.oib nahraďte názvem zdrojového souboru a output.ome.tiff názvem cílového souboru. Přípona .ome.tiff zvolí výstup OME-TIFF.

U velké datové sady vyžádejte výstup BigTIFF:

bfconvert -overwrite -bigtiff input.oib output.ome.tiff

Chcete-li z vícesériového souboru OIB převést pouze jednu sérii, zadejte její index začínající nulou:

bfconvert -overwrite -series 0 input.oib series-0.ome.tiff

Prohlédněte protokol Bio-Formats nebo otevřete výsledek ve Fiji a ověřte, že byly exportovány očekávané série, kanály, z-řezy a časové body. Pokud vstup obsahuje několik sérií, převeďte každou požadovanou sérii samostatně, pokud cílová aplikace nespolehlivě pracuje s vícesériovými soubory OME-TIFF.

Pomocí Fiji

Ve Fiji otevřete soubor prostřednictvím File → Import → Bio-Formats, vyberte požadovanou sérii a nastavení rozměrů a poté proveďte export pomocí exportéru Bio-Formats nebo soubor uložte s použitím možnosti kompatibilní s OME-TIFF. Pokud je nutné zachovat rozměry z, kanálů nebo času, neotevírejte soubor jako běžný 2D obraz.

Online převod

Můžete také použít bezplatný převodník na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Nahrajte soubor OIB, jako výstupní formát zvolte OME.TIFF, spusťte převod a po jeho dokončení stáhněte výsledek.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Původní soubor OIB si ponechte, protože některé podrobnosti o pořízení specifické pro Olympus, anotace, objektivy nebo proprietární nastavení nemusí mít přímé ekvivalenty v OME-XML. Bio-Formats obecně přenáší standardní rozměry a metadata, převod však nemůže zaručit zachování každého pole specifického pro daného výrobce.

Výstup zkontrolujte z hlediska pořadí kanálů, rozestupu z, časových intervalů, kalibrace pixelů, bitové hloubky a orientace obrazu. Převod na 8 bitů nevolte, pokud ho nevyžaduje přijímající workflow; zmenšení 12bitového, nebo 16bitového obrazu či obrazu s plovoucí desetinnou čárkou může vést ke ztrátě intenzitních informací. Pro kvantitativní analýzu je vhodnější bezztrátová komprese, zatímco ztrátové kompresi JPEG je třeba se vyhnout.

Velmi velké soubory OME-TIFF mohou ve prohlížeči vyžadovat podporu BigTIFF. Některé programy podporují pouze jednosériový nebo jednosouborový OME-TIFF, takže vícesériový OIB může vyžadovat samostatné výstupy.