Online konvertor LIF do OME.TIFF zdarma
Převeďte mikroskopická data Leica LIF do formátu OME-TIFF se zachováním metadat.
Převést LIF na OME.TIFF online - zdarma
Váš soubor je zpracován okamžitě a není ukládán na naše servery.
Načíst soubor z adresy URL
Vložte přímý odkaz na soubor. Stáhneme ho na náš server a převedeme úplně stejně jako nahraný soubor.
Jak to funguje
-
1/3
Nahrajte soubor .lif
Kliknutím vyberte soubor, který chcete převést, nebo ho jednoduše přetáhněte do vyznačené oblasti.
-
2/3
Spusťte převod .lif do .ome.tiff
Po úspěšném nahrání souboru klikněte na převod, jakmile budete připraveni.
-
3/3
Stáhněte převedený soubor .ome.tiff
Výsledek převodu je připraven ke stažení.
Jak převést soubor lif do formátu ome.tiff
- Grafika
- Dosud nehodnoceno.
101convert.com assistant bot
49 min.
Software a přístroje Leica pro mikroskopii běžně ukládají multidimenzionální obrazová data jako LIF, zatímco mnoho nástrojů pro analýzu, archivaci a interoperabilitu očekává OME-TIFF. Převod zachová obrazové roviny a v případě podpory ze strany importéru také metadata mikroskopie v široce čitelném formátu založeném na TIFF.
Co je formát LIF
LIF je proprietární kontejner společnosti Leica Microsystems pro fluorescenční, konfokální a další mikroskopická data. Jeden soubor může obsahovat více obrazových sérií, kanálů, z-stacků, časových bodů, scén a metadat o akvizici. Leica LAS X a starší zobrazovací software Leica vytvářejí soubory LIF, takže jsou běžné při přímém exportu dat z mikroskopů Leica.
Protože je LIF proprietární a může obsahovat několik nezávislých sérií, běžné prohlížeče obrázků často zobrazí pouze část dat nebo soubor vůbec nedokážou otevřít.
Co je formát OME-TIFF
OME-TIFF ukládá obrazová data TIFF společně s metadaty OME-XML popisujícími rozměry, jako jsou velikost, kanály, hloubka z, časové body, typ pixelů a fyzická kalibrace. Je podporován softwarem Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath a dalším vědeckým zobrazovacím softwarem.
OME-TIFF použijte, když cílová aplikace potřebuje otevřený a zdokumentovaný formát pro mikroskopii nebo když datová sada musí zachovat multidimenzionální strukturu namísto převedení na plochý JPEG či běžný TIFF. Velké datové sady lze zapisovat jako BigTIFF nebo jako vícesouborovou sekvenci OME-TIFF.
Jak převést LIF na OME-TIFF
Pomocí Fiji a Bio-Formats
- Nainstalujte Fiji, které obsahuje reader a writer Bio-Formats.
- Otevřete soubor pomocí File → Open a vyberte
sample.lif. V dialogu Bio-Formats Import Options vyberte požadovanou sérii. Pro datové sady, které jsou příliš velké pro načtení do paměti, povolte Use virtual stack. - U jediné vybrané série použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
- Nastavte název výstupního souboru na
sample.ome.tiff, zvolte bezztrátovou kompresi, například LZW, nebo žádnou kompresi a soubor uložte. - Pokud soubor obsahuje více scén nebo akvizic, opakujte export pro každou sérii LIF. Zkontrolujte exportovaný soubor jeho opětovným otevřením pomocí Bio-Formats a ověřte kanály, z-s řezy, časové body a kalibraci pixelů.
Pomocí nástrojů Bio-Formats pro příkazový řádek
Nainstalujte nástroje Bio-Formats pro příkazový řádek a spusťte:
bfconvert input.lif output.ome.tiff
Chcete-li převést jednu sérii z vícesériového souboru LIF, zadejte její index založený na nule:
bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff
Pro bezztrátovou kompresi LZW použijte:
bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff
Vygenerovaný OME-XML a rozměry zkontrolujte pomocí showinf output.ome.tiff, což je další nástroj Bio-Formats pro příkazový řádek. Pro příležitostný převod bez instalace softwaru lze použít bezplatný konvertor na 101convert.com.
Kvalita, kompatibilita a omezení
- Pro kvantitativní mikroskopii zvolte bezztrátovou kompresi nebo žádnou kompresi; komprese JPEG může změnit hodnoty intenzity a způsobit artefakty.
- Soubor LIF může obsahovat několik sérií s různými rozměry. Export pouze aktuálně vybrané série nepřevede ostatní série.
- Podpora metadat OME-TIFF závisí na readeru. Po převodu ověřte názvy kanálů, přiřazení barev, fyzickou velikost pixelů, rozestupy z, časové intervaly a data akvizice.
- Velmi velké soubory mohou překročit limity klasického TIFF. Pokud to exporter umožňuje, použijte BigTIFF nebo vícesouborovou možnost OME-TIFF a ověřte, že cílová aplikace danou variantu podporuje.
- Pokud je vyžadováno zachování z-stacků, časových řad, kanálů nebo metadat mikroskopie, nepoužívejte běžný export obrázků; místo toho použijte import a export Bio-Formats.
Poznámka: Tento záznam konverze lif na ome.tiff je neúplný, musí být ověřen a může obsahovat nepřesnosti. Níže prosím hlasujte, zda pro vás byly tyto informace užitečné nebo ne.
Často kladené otázky
Je konvertor LIF do OME.TIFF zdarma?
Ano, převod LIF do OME.TIFF na 101convert.com je zcela zdarma. Není potřeba registrace, e-mail ani instalace. Pokud potřebujete vyšší limit velikosti souboru nebo chcete převádět více souborů najednou, podívejte se na naše tarify.
Jak velký může být můj soubor LIF?
Můžete nahrát soubory LIF o velikosti až 300 MB a převést až 3 souborů najednou v jedné dávce.
Co se stane s nahranými soubory?
Soubory se zpracovávají automaticky a několik minut po převodu jsou z našich serverů smazány. Vaše soubory nikdy neprohlížíme ani nesdílíme.
Musím pro převod LIF do OME.TIFF instalovat nějaký software?
Ne. Převod LIF do OME.TIFF probíhá kompletně online v prohlížeči a funguje na Windows, Macu, Linuxu, Androidu i iPhonu.
Konverze se nezdařila?
Ve většině případů je příčinou nesprávný formát souboru. Nahrajte platný soubor LIF pro tuto konverzi z LIF do OME.TIFF. Občas může být chyba také na naší straně. Analyzujeme opakované neúspěšné konverze, a pokud zjistíme závadu konvertoru, vypneme jej nebo opravíme.