Online konvertor OIF do TIFF zdarma

Microscopy software a systémy pro analýzu obrazu často vyžadují TIFF místo Olympus OIF, zejména při importu obrázků do nástrojů bez nativní podpory OIF. TIFF také poskytuje přenosnější formát pro úpravy, publikování a archivaci.

Co je formát OIF

OIF neboli Olympus Image Format je proprietární formát pro mikroskopii vytvořený pro Olympus FluoView a související zobrazovací systémy Olympus. Může ukládat multidimenzionální obrazová data včetně kanálů, Z-stacků, časových bodů, více sérií, nastavení akvizice a metadat mikroskopu.

Datová sada OIF může obsahovat hlavní soubor .oif a doprovodný adresář, například sample.oif.files. Soubor a jeho doprovodný adresář ponechte pohromadě; přesunutí pouze souboru .oif může způsobit, že datová sada nebude čitelná, nebo může vést ke ztrátě obrazových rovin.

Co je formát TIFF

TIFF je široce podporovaný rastrový formát používaný v editorech obrázků, publikačním software, systémech pro práci s dokumenty a aplikacích pro vědeckou analýzu. Podporuje obrazy ve stupních šedi, RGB a s vysokou bitovou hloubkou a může používat bezztrátovou kompresi LZW nebo ZIP.

TIFF je vhodný v případech, kdy záleží na kompatibilitě, ale běžný TIFF nemusí zachovat všechny funkce OIF. Pro multidimenzionální data z mikroskopie je obvykle vhodnější OME-TIFF, protože ukládá standardizovaná metadata pro kanály, Z-v řezy, časové body a obrazové série.

Jak převést OIF na TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

1. Nainstalujte Fiji, které obsahuje importér Bio-Formats.
2. Otevřete datovou sadu pomocí File → Open, vyberte soubor .oif a nechte Bio-Formats načíst doprovodné soubory.
3. V dialogovém okně Bio-Formats Import Options vyberte požadovanou sérii a nastavte View stack with na Hyperstack, pokud soubor obsahuje rozměry Z, kanálů nebo času.
4. Pro jednu obrazovou rovinu nebo běžný stack použijte File → Save As → Tiff. U multidimenzionální datové sady použijte exportér Bio-Formats nebo ji uložte jako OME-TIFF, pokud je tato možnost k dispozici.
5. Vyberte bezztrátovou kompresi, například LZW nebo ZIP. U kvantitativních mikroskopických obrazů nevybírejte kompresi JPEG.

Pomocí Bio-Formats z příkazového řádku

Nástroj Bio-Formats bfconvert dokáže načíst OIF a zapsat TIFF bez otevření grafického rozhraní:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.tif

Pokud obraz obsahuje více kanálů, fokálních rovin, časových bodů nebo sérií, použijte název výstupu OME-TIFF a příslušné možnosti Bio-Formats. Vygenerovaný soubor ověřte ve Fiji nebo jiném prohlížeči kompatibilním s Bio-Formats.

Online převod

101convert.com dokáže převádět soubory online zdarma bez instalace software. Pokud převaděč přijímá doprovodné soubory, nahrajte kompletní datovou sadu OIF; v opačném případě použijte Fiji a Bio-Formats, protože samostatný soubor .oif nemusí obsahovat všechna obrazová data.

Kvalita, kompatibilita a omezení

Porovnejte šířku, výšku, bitovou hloubku, počet kanálů, Z-řezy a časové body exportovaného TIFF se zdrojovým souborem. Některé exportéry sloučí kanály nebo uloží pouze aktuálně zobrazenou rovinu.

Pro zdrojová data s bitovou hloubkou 16 bitů použijte 16bitový TIFF a vyhněte se převodu na 8 bitů, pokud to cílová aplikace nevyžaduje; snížení bitové hloubky trvale odstraní některé úrovně intenzity. Bezztrátová komprese zachovává hodnoty pixelů, zatímco komprese JPEG může způsobit artefakty.

Standardní TIFF má praktické limity velikosti kolem 4 GB. Velké datové sady OIF mohou v cílové aplikaci vyžadovat podporu BigTIFF nebo OME-TIFF. Proprietární nastavení akvizice, kalibrační data mikroskopu, anotace a některá metadata Olympus nemusí převod přežít, proto si původní datovou sadu OIF ponechte pro archivaci.