Online konvertor ZVI do TIFF zdarma

Co je formát ZVI

ZVI je formát Zeiss Vision Image používaný mikroskopickým softwarem Carl Zeiss, zejména AxioVision a souvisejícími akvizičními systémy. Soubor ZVI může obsahovat jeden snímek nebo multidimenzionální dataset s kanály, z-stacky, časovými body, dlaždicovými oblastmi, kalibračními daty a metadaty akvizice.

Se soubory ZVI se běžně setkáte při exportu ze systémů Zeiss AxioCam nebo při jejich vytváření v AxioVision a starších pracovních postupech Zeiss pro práci se snímky. Tento formát není běžnými prohlížeči obrázků spolehlivě podporován a novější pracovní postupy Zeiss ZEN mohou používat jiné proprietární formáty nebo formáty kompatibilní s OME.

Co je formát TIFF

TIFF je široce podporovaný rastrový obrazový formát používaný pro mikroskopii, skenování, publikování, tisk a archivaci. V závislosti na softwaru a variantě TIFF podporuje data v odstínech šedi, RGB i s mnoha kanály a také 8bitovou, 16bitovou a 32bitovou barevnou hloubku.

TIFF může ukládat více stránek nebo rovin, takže může reprezentovat některé obrazové z-stacky. OME-TIFF přidává standardizovaná metadata XML pro kanály, rozměry, velikosti pixelů a strukturu akvizice. Komprese TIFF může být bezztrátová, například LZW nebo ZIP, případně může být soubor nekomprimovaný; při zachování vědeckých obrazových dat se vyhněte kompresi JPEG.

Jak skutečně převést ZVI na TIFF

Pomocí Fiji a Bio-Formats

Fiji je obvykle nejpraktičtější desktopová možnost, protože obsahuje importér Bio-Formats používaný ke čtení mnoha souborů Zeiss.

1. Nainstalujte Fiji a v případě potřeby jej aktualizujte prostřednictvím Help → Update.
2. Otevřete soubor pomocí File → Open a poté vyberte soubor .zvi. Fiji by mělo automaticky spustit Bio-Formats. Pokud se tak nestane, použijte Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. V dialogu importu vyberte požadovanou sérii a pokud soubor obsahuje kanály, z-řezy nebo časové body, zvolte View stack with: Hyperstack. Pokud musí zůstat původní číselný rozsah intenzity nezměněn, zakažte automatické škálování.
4. Pro standardní TIFF použijte File → Save As → TIFF a zvolte cílový název souboru, například sample.tif. Fiji uloží aktuálně načtený snímek nebo z-stack.
5. Pro výsledek zohledňující metadata použijte exportér Bio-Formats, pokud je k dispozici, a uložte soubor jako sample.ome.tiff. Po opětovném otevření výsledku ověřte rozměry kanálů, osy z a času.

Pomocí Bio-Formats z příkazového řádku

Bio-Formats poskytuje pro opakovatelné konverze nástroj bfconvert. Základní konverze vypadá takto:

bfconvert input.zvi output.tif

Pro výstup OME-TIFF použijte:

bfconvert input.zvi output.ome.tiff

Pomocí voleb Bio-Formats pro příkazový řádek vyberte sérii, rozdělte rozměry nebo vytvořte BigTIFF, pokud výstup překročí velikostní limit klasického TIFF. Vygenerovaný soubor zkontrolujte ve Fiji nebo jiném prohlížeči kompatibilním s Bio-Formats, místo abyste předpokládali, že byla exportována každá série ZVI.

Pomocí online převodníku

Soubor můžete zdarma převést na 101convert.com bez instalace softwaru: nahrajte soubor ZVI, jako výstupní formát vyberte TIFF, spusťte konverzi a stáhněte výsledný soubor. Nenahrávejte důvěrná data pacientů, nepublikované experimenty ani soubory, na které se vztahují omezení institucionálních zásad.

Kvalita, kompatibilita a omezení

• Konverze mění kontejner, nikoli kvalitu pořízení snímku. Nemůže obnovit informace, které již v souboru ZVI chybí.
• Ponechte si původní ZVI jako zdrojový soubor. Standardní TIFF může odstranit nastavení akvizice specifická pro Zeiss, souřadnice stolku, podrobnosti o přístroji, názvy kanálů a některá kalibrační metadata.
• Zachovejte původní bitovou hloubku. Převod 16bitového obrazu v odstínech šedi na 8bitový snižuje přesnost intenzity a může ovlivnit kvantitativní měření.
• Ověřte, zda výstup obsahuje všechny kanály, z-řezy a časové body. Některé převodníky exportují pouze aktuálně zobrazenou rovinu nebo první sérii.
• Velké mikroskopické z-stacky mohou překročit limit 4 GB klasického TIFF. Pokud jej vybraný software podporuje, použijte BigTIFF nebo OME-TIFF; starší prohlížeče nemusí tyto varianty otevřít.
• TIFF nezaručuje, že metadata o velikosti pixelů a rozměrech budou zachována. U pracovních postupů založených na měření zkontrolujte metadata výstupu a kalibraci zadejte znovu pouze tehdy, pokud jsou k dispozici původní hodnoty.