Online konvertor PDB do TXT zdarma

Program, editor nebo archivní workflow může vyžadovat čitelný soubor .txt namísto souboru .pdb. Správná metoda převodu závisí na tom, zda PDB obsahuje molekulární záznamy, záznamy databáze Palm OS, nebo elektronickou knihu.

Co je formát PDB

.pdb je nejednoznačná přípona používaná několika nesouvisejícími formáty:

• Soubory Protein Data Bank jsou textové soubory obsahující atomární souřadnice, zbytky, modely a další molekulární záznamy. Používají je výzkumníci, aplikace pro vizualizaci molekul, chemické programy a software pro molekulární dynamiku.
• Soubory Palm Database obsahují záznamy a metadata pro aplikace Palm OS. Obvykle jsou binární a mohou používat struktury nebo kompresi specifické pro danou aplikaci.
• Varianty elektronických knih PalmDOC, zTXT a další varianty PDB ukládají obsah knih ve formátech navržených pro starší čtečky Palm. Jejich vnitřní struktury se liší od vědeckých souborů PDB i běžných databází Palm.

Před převodem určete zdrojový typ. Přejmenování file.pdb na file.txt změní pouze příponu; nedekóduje binární záznamy, nerozbalí komprimovaný obsah ani neopraví kódování znaků.

Co je formát TXT

.txt je prostý textový formát bez kontejneru, který ukládá znaky a konce řádků bez formátování specifického pro aplikaci. Otevírá se v programu Poznámkový blok, editorech kódu, skriptech, tabulkových programech a nástrojích pro správu verzí.

TXT může obsahovat původní text molekulárního souboru PDB, extrahovaný text elektronické knihy nebo nově vytvořenou tabulku záznamů. Ze své podstaty nezachovává vazby mezi molekulami, pevné indexy databáze, obrázky, hypertextové odkazy, záložky, kompresi, metadata ani formátování dokumentu. Pokud zdroj obsahuje znaky mimo ASCII, exportujte jako UTF-8, při převodu starších dat Palm však použijte informace o kódování ze zdrojové aplikace.

Jak převést vědecký soubor PDB

Většina souborů Protein Data Bank je již ve formátu prostého textu. Pokud potřebujete identickou textovou kopii, soubor duplikujte a změňte příponu:

cp structure.pdb structure.txt

V příkazovém řádku systému Windows použijte:

copy structure.pdb structure.txt

Tím se zachovají původní bajty, technicky však jde o kopírování souboru, nikoli o strukturální export. Soubor můžete také otevřít v editoru kódu a použít příkaz File → Save As; vyhněte se textovým procesorům, protože přeformátování řádků může poškodit sloupce s pevnou šířkou používané záznamy PDB.

Pro export s přeformátováním:

1. Otevřete soubor v PyMOL, UCSF ChimeraX, VMD nebo jiné molekulární aplikaci.
2. Zvolte příkaz File → Export nebo Save As daného programu.
3. Pokud cílová aplikace očekává standardní záznamy PDB, zvolte textový export PDB; pokud očekává sloupce, exportujte tabulku atomů s oddělovači.
4. Uložte soubor jako .txt a zkontrolujte, zda zůstaly zachovány názvy atomů, názvy zbytků, souřadnice a záznamy modelů.

Tabulku lze také vytvořit pomocí Biopython, nejde však o věrnou kopii PDB:

from Bio.PDB import PDBParser

structure = PDBParser(QUIET=True).get_structure("model", "structure.pdb")
with open("atoms.txt", "w", encoding="utf-8") as output:
    for atom in structure.get_atoms():
        residue = atom.get_parent()
        x, y, z = atom.get_coord()
        output.write(f"{residue.get_resname()}\t{atom.get_name()}\t{x:.3f}\t{y:.3f}\t{z:.3f}\n")

Pomocí pip install biopython nainstalujte závislost. Výsledný soubor oddělený tabulátory obsahuje vybraná data atomů a vynechává ostatní záznamy PDB, pokud je skript nezapisuje explicitně.

Jak převést soubor PDB Palm nebo elektronické knihy

U souborů PalmDOC a kompatibilních souborů elektronických knih použijte aplikaci podporující konkrétní podtyp. Calibre dokáže importovat mnoho starších souborů elektronických knih Palm: přidejte knihu, zvolte Convert books, jako výstupní formát vyberte TXT a zkontrolujte výsledek, zda v něm nechybí kapitoly, konce stránek nebo znaky. Podpora není univerzální, protože PDB je pouze název rodiny kontejnerů, nikoli jedna specifikace elektronických knih.

U databáze aplikace Palm proveďte export z původní aplikace Palm nebo kompatibilního synchronizačního nástroje. Pokud je to možné, použijte Export, Save As nebo formát s oddělovači, například CSV, a poté exportovaný text uložte jako .txt. Textový editor ani obecný příkaz pro kopírování souborů obvykle nedokáže dekódovat binární databázové záznamy.

Podporovaný soubor PDB můžete také bezplatně převést na webu 101convert.com bez instalace softwaru. Před převodem potvrďte rozpoznaný podtyp PDB a neodesílejte důvěrné záznamy, osobní údaje ani nepublikovaný výzkum.

Omezení kvality a kompatibility

Vědecké soubory PDB používají definované pozice sloupců, takže zalamování řádků, automatické změny mezer nebo úpravy v tabulkovém procesoru mohou poškodit souřadnice a zarovnání záznamů. Původní soubor .pdb si ponechte a se souborem TXT zacházejte jako s pracovní kopií.

Převody souborů Palm a elektronických knih mohou odstranit kompresi, obrázky, hypertextové odkazy, záložky, ID záznamů, metadata databáze a proprietární pole. Náhradní znaky, například �, signalizují problém s kódováním; opětovný export s použitím UTF-8 pomůže pouze tehdy, když zdrojová aplikace správně dekóduje původní bajty. Změnou přípony nelze obnovit text, který již byl nesprávně dekódován.